軌跡推斷/分析是研究細(xì)胞動力學(xué)的重要方法遏餐，它是單細(xì)胞研究應(yīng)用中一種常見的手段。目前已經(jīng)開發(fā)出了大量的軌跡分析算法，最常用是monocle系列（前面我們介紹的也有）露懒，這些算法都...
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【單細(xì)胞】軌跡分析-slingshot -
繪圖操作之ggstatsplot（高級繪圖隅很，基礎(chǔ)知識）
最近年中總結(jié)淘正，我們來分享一些繪圖的操作祸穷，基礎(chǔ)知識，多多學(xué)習(xí) 今天我們分享的是R包ggstatsplot景埃，非常完美的一個(gè)繪圖R包媒至，我們來看看這個(gè)包的繪圖能力顶别。 1. R包的安裝...
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AUCell：計(jì)算單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的每個(gè)細(xì)胞中特定基因集的活性程度AUC允許在單細(xì)胞rna數(shù)據(jù)集中識別具有活性基因集（如gene signature,gene module）的細(xì)胞。AUCell使用曲線下面積來計(jì)算輸入基因集的一個(gè)關(guān)鍵子集是...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）基因集打分方法匯總
hello拒啰，大家好驯绎，今天周一，做一個(gè)簡單的匯總谋旦，主要針對基因集打分剩失，無論是單細(xì)胞還是空間，基因集打分都很普遍册着，方法也很多拴孤，我們來總結(jié)一下。 研究背景 在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序中甲捏，整...
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GSEA和GSVA演熟，再也不用去下載gmt文件咯前言 我是在y蜀黍的書里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一個(gè)叫msigdbr的包，就是把MsigDB的那些基因集合都R語言化了司顿。那么以后想做G...
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一個(gè)GSE有兩個(gè)GPL該怎么辦莎莎寫于2020.5.7?今天上午10點(diǎn)鐘準(zhǔn)時(shí)就醒了芒粹，然后和室友磨嘰半天去實(shí)驗(yàn)室打掃衛(wèi)生，然后簽了字就偷偷溜了??然后回到中校區(qū)買了超級甜的哈密瓜??還有火龍果大溜，沃柑化漆，一共是30...
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單細(xì)胞之富集分析-4：分組水平GSVA單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：單細(xì)胞GSEA分析流程[http://www.reibang.com/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2：批量...
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biomaRt: 用R愉快檢索BioMart數(shù)據(jù)庫網(wǎng)速慢的原因找到了 R 與 BioMart 數(shù)據(jù)庫的語言接口 (interface) Durinck S, Spellman P, Birney E, Huber W (20...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理小細(xì)節(jié)匯總1. Seurat對象查看當(dāng)前的Assay 在進(jìn)行了SCTransform操作后，矩陣默認(rèn)會變成SCT矩陣钦奋，如果不加設(shè)置座云，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
