240 發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地:江蘇
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    基因組文章構(gòu)成

    1.genome survey 數(shù)據(jù)過(guò)濾去除測(cè)序原始數(shù)據(jù)中可能包含低質(zhì)量、接頭污染以及含 N 過(guò)高的 reads NT比對(duì)通過(guò)BLAST對(duì)下機(jī)數(shù)據(jù)過(guò)濾后的有效數(shù)據(jù)進(jìn)行 NT ...

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    從零開(kāi)始學(xué)Circos繪制圈圖(一)

    一般基因組文章都會(huì)有下面這種酷炫圖,用來(lái)描述基因組的基因密度分布掩驱,轉(zhuǎn)座子的密度分布芒划,和其他物種或者多倍體的多套染色體間的共線性關(guān)系,以及其他各種你只要測(cè)序就能加上的信息昙篙,比如...

  • 好的映屋!感謝感謝!

    pse-genome(偽基因組)的制作

    最近做課題同蜻,要做pse-genome棚点。什么意思呢,就是要把某個(gè)個(gè)體call出來(lái)的snp替換掉參考基因組對(duì)應(yīng)位置的堿基湾蔓。這個(gè)剛開(kāi)始接觸的時(shí)候瘫析,頭皮發(fā)麻,不知道咋入手默责。后來(lái)發(fā)現(xiàn)用...

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    繪制 SNP 密度圖

    一般使用 CMplot 繪制SNP密度圖:包鏈接:https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 要繪制 SNP 密度圖,僅僅需要三列即可:a. 第...

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    Markdown基本語(yǔ)法

    Markdown是一種純文本格式的標(biāo)記語(yǔ)言。通過(guò)簡(jiǎn)單的標(biāo)記語(yǔ)法茄茁,它可以使普通文本內(nèi)容具有一定的格式魂贬。 相比WYSIWYG編輯器 優(yōu)點(diǎn):1、因?yàn)槭羌兾谋救雇纾灾灰С諱arkd...

  • GATK4已經(jīng)省了這兩步了勋颖,全都整合在了HaplotypeCaller里面

    bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程

    call SNP GATK bwa+samtools 參考文檔 一、原始數(shù)據(jù)處理 測(cè)序得到的RAW DATA勋锤,使用NGSQCToolkit進(jìn)行過(guò)濾$PATH/Il...

  • 大神饭玲,您好!冒昧的打擾叁执,請(qǐng)教個(gè)問(wèn)題茄厘。我在用bismark比對(duì)的時(shí)候,調(diào)用bowtie2報(bào)錯(cuò)谈宛,以前是可以跑通的次哈,請(qǐng)問(wèn)遇到過(guò)這種問(wèn)題嗎?報(bào)錯(cuò)如下:Error reading _ebwt[] array: 5231232, 124768704 Error: Encountered internal Bowtie 2 exception (#1)

    DNA甲基化

    DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)研究中的一個(gè)重要一個(gè)分支吆录,符合表觀遺傳學(xué)DNA的序列信息沒(méi)有改變的特地點(diǎn)窑滞,而是DNA的堿基發(fā)生了化學(xué)修飾。最常見(jiàn)的一種修飾如5-甲基胞嘧啶(5-met...

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小黑石學(xué)生信
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