臨床預(yù)后模型符匾，大多包含風險分層和獨立預(yù)后分析兩個驗證分析，而很多文章在兩個分析上存在不嚴謹像啼。下面介紹一些分析的關(guān)鍵點。 1. 風險分層與cutoff 一般而言潭苞，預(yù)后模型會有訓(xùn)...
IP屬地：上海
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臨床生信文章普遍存在的兩個統(tǒng)計問題
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轉(zhuǎn)錄組DEGs聚類熱圖和功能富集分析寫在前面：經(jīng)常做轉(zhuǎn)錄組分析忽冻，就是把差異基因搞個火山圖和Venn圖看各組差異基因的共有和特有情況〈苏睿看見有個比較好的選擇僧诚，能直觀比較各種處理帶來的影響，如下： 來自Nature ...
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GEO芯片聯(lián)合分析批次校正combat/limma批次校正的原因和方法 校正批次效應(yīng)這篇說可以用combat來進行批次校正校正批次效應(yīng)這篇說limma和combat都可以ComBat or removebatcheffect...
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R語言轉(zhuǎn)錄組分析-GEO數(shù)據(jù)庫下載及Illumina數(shù)據(jù)處理一秀菱、簡單認識一下GEO數(shù)據(jù)庫 入口：在NCBI主頁 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 的搜索入口輸入關(guān)鍵字振诬，比如某個基因或某個疾病蹭睡，選擇數(shù)據(jù)類型為GE...
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2020-01-21 lumi包解決zscore的數(shù)據(jù) 韋恩圖作業(yè)（上）解了2天的題：2020-01-20---2020-01-21 題目鏈接 辜負了曾老師的期望衍菱，最后還是在他的協(xié)助下完成了差異分析。 獲取數(shù)據(jù)并做質(zhì)控 下載原始數(shù)據(jù) normal...
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免疫基因集signature又有人發(fā)了Ebiomedicine
偶然又看到一篇基于免疫基因集的預(yù)后 signature文章發(fā)表在新貴雜志-柳葉刀旗下的 Ebiomedicine雜志上肩豁，分享給大家脊串，研究團隊來自 南京醫(yī)科大學生殖醫(yī)學國家重點...
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在線畫圖平臺千千萬，總有一款適合你人人都想畫出好看的圖來展示成果清钥，如果你沒有編程基礎(chǔ)琼锋，各大公司的云平臺基本可以滿足大部分需求或者找人幫忙，如果你是大牛祟昭，可以自己寫個小工具個性化定制缕坎。如果你懂一點想學習更多自己...
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一個 WGCNA分析直發(fā)5分你敢相信嗎？
2019年4月 Journal of Clinical Medicine雜志發(fā)表了來自臺灣學者的通過綜合生物信息學分析鑒定乳腺癌的預(yù)后候選基因文章篡悟。 內(nèi)附審稿報告谜叹。 Pee...
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從TCGA數(shù)據(jù)庫下載并整合清洗高通量腫瘤表達譜-臨床性狀數(shù)據(jù)測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
