在R語言中運(yùn)行Cibersort共需要三個文件陷寝,分別是(1)官方提供的22種細(xì)胞基因集“LM22.txt”寂呛;(2)自己的表達(dá)矩陣怠蹂;(3)Cibersort代碼。 (1)LM2...
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腫瘤微環(huán)境是近年來的研究熱點搀愧。復(fù)雜而動態(tài)的微環(huán)境中惰聂,腫瘤細(xì)胞與浸潤性免疫細(xì)胞疆偿、基質(zhì)細(xì)胞等相互作用,這在促進(jìn)或抑制腫瘤生長搓幌、侵襲杆故、轉(zhuǎn)移以及對病人臨床預(yù)后方面可能具有多方面的影響...
做通路富集分析常需要批量進(jìn)行基因ID轉(zhuǎn)換,總結(jié)了3種簡便方法與大家分享鼻种。方法1和2依賴于基因組注釋R包反番,如果無相應(yīng)物種R包就必須用方法3沙热。好在的是常用物種人叉钥、小鼠、大鼠等都是...
for循環(huán)批量生存分析出圖嘗試一下怎么批量生成圖片篙贸,不過有點小bug還未解決投队。 survfit估計生存率 用survminer包畫生存曲線 最終結(jié)果
今天是各類統(tǒng)計方法R語言實現(xiàn)的第13期爵川,我們主要介紹R語言統(tǒng)計系列第13篇-K-M生存曲線與logrank檢驗敷鸦。 ### 生存分析 生存分析是將事件的結(jié)果和出現(xiàn)這一結(jié)果經(jīng)歷的...
偶然發(fā)現(xiàn)了這個神奇的網(wǎng)站(https://depmap.org/portal/),對于實驗狗的我而言寝贡,想想以前走的各種彎路扒披,頓感相見恨晚啊圃泡!廢話少敘碟案,直接來看看這個DepM...
TCGA數(shù)據(jù)庫中含有的癌癥名稱,簡寫和中文名稱 Abbr英文名稱中文名稱ACCAdrenocortical carcinoma腎上腺皮質(zhì)癌BLCABladder Urothe...