在R語(yǔ)言中運(yùn)行Cibersort共需要三個(gè)文件古戴,分別是(1)官方提供的22種細(xì)胞基因集“LM22.txt”搁廓;(2)自己的表達(dá)矩陣焚刺;(3)Cibersort代碼李皇。 (1)LM2...
腫瘤微環(huán)境是近年來(lái)的研究熱點(diǎn)危队。復(fù)雜而動(dòng)態(tài)的微環(huán)境中温学,腫瘤細(xì)胞與浸潤(rùn)性免疫細(xì)胞略贮、基質(zhì)細(xì)胞等相互作用,這在促進(jìn)或抑制腫瘤生長(zhǎng)仗岖、侵襲逃延、轉(zhuǎn)移以及對(duì)病人臨床預(yù)后方面可能具有多方面的影響...
做通路富集分析常需要批量進(jìn)行基因ID轉(zhuǎn)換拄丰,總結(jié)了3種簡(jiǎn)便方法與大家分享府树。方法1和2依賴(lài)于基因組注釋R包,如果無(wú)相應(yīng)物種R包就必須用方法3料按。好在的是常用物種人奄侠、小鼠、大鼠等都是...
for循環(huán)批量生存分析出圖嘗試一下怎么批量生成圖片,不過(guò)有點(diǎn)小bug還未解決闷盔。 survfit估計(jì)生存率 用survminer包畫(huà)生存曲線 最終結(jié)果
今天是各類(lèi)統(tǒng)計(jì)方法R語(yǔ)言實(shí)現(xiàn)的第13期弯洗,我們主要介紹R語(yǔ)言統(tǒng)計(jì)系列第13篇-K-M生存曲線與logrank檢驗(yàn)。 ### 生存分析 生存分析是將事件的結(jié)果和出現(xiàn)這一結(jié)果經(jīng)歷的...
偶然發(fā)現(xiàn)了這個(gè)神奇的網(wǎng)站(https://depmap.org/portal/),對(duì)于實(shí)驗(yàn)狗的我而言敏沉,想想以前走的各種彎路果正,頓感相見(jiàn)恨晚啊盟迟!廢話(huà)少敘秋泳,直接來(lái)看看這個(gè)DepM...
TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中含有的癌癥名稱(chēng),簡(jiǎn)寫(xiě)和中文名稱(chēng) Abbr英文名稱(chēng)中文名稱(chēng)ACCAdrenocortical carcinoma腎上腺皮質(zhì)癌BLCABladder Urothe...
簡(jiǎn)介:風(fēng)險(xiǎn)因子關(guān)聯(lián)圖常見(jiàn)于cox風(fēng)險(xiǎn)比例模型攒菠,常見(jiàn)于下圖這種三圖聯(lián)合的展示形式迫皱,展示的是由cox風(fēng)險(xiǎn)模型區(qū)分出的高風(fēng)險(xiǎn)和低風(fēng)險(xiǎn)人群在人群比例、生存時(shí)間(生/死)和關(guān)注的基因表...
作者:白介素2相關(guān)閱讀:[R語(yǔ)言生存分析03-Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型]R語(yǔ)言生存分析-02-ggforestR語(yǔ)言生存分析-01ggpubr-專(zhuān)為學(xué)術(shù)繪圖而生(二)ggstats...
列線圖簡(jiǎn)介 列線圖(Alignment Diagram)辖众,又稱(chēng)諾莫圖(Nomogram圖)卓起,它是建立在多因素回歸分析的基礎(chǔ)上,將多個(gè)預(yù)測(cè)指標(biāo)進(jìn)行整合凹炸,然后采用帶有刻度的線段戏阅,...
原理 Ridge Regression,Lasso Regression和Elastic-Net Regression都是通過(guò)增加一個(gè)懲罰項(xiàng)讓模型less sensitive...
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