作者，追風(fēng)少年i 當(dāng)單細(xì)胞基礎(chǔ)分析已經(jīng)完善的時候，擺在眼前首要的問題就是冤寿，每個cluster具體是細(xì)胞細(xì)胞類型杆煞？只有在注釋了每個群的基礎(chǔ)上陨溅，才可以進(jìn)行下游更加深入的個性化分析...
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單細(xì)胞個性化分析之細(xì)胞注釋篇 -
Seurat Tutorial 4：映射和注釋查詢數(shù)據(jù)集寫在前面學(xué)習(xí)一個軟件最好的方法就是啃它的官方文檔院仿。本著自己學(xué)習(xí)芯急、分享他人的態(tài)度失驶，分享官方文檔的中文教程砚婆。軟件可能隨時更新，建議配合官方文檔一起閱讀突勇。推薦先按順序閱讀往期內(nèi)容：...
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單細(xì)胞實戰(zhàn)2: Seurat+SingleR--從矩陣到細(xì)胞類型注釋單細(xì)胞數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)分析Seurat流程： Seurat官網(wǎng)：https://satijalab.org/seurat/articles/get_started.html[http...
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為什么要以數(shù)據(jù)庫的思維來理解單細(xì)胞數(shù)據(jù)在我們涉足單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析不久之后就會發(fā)現(xiàn)装盯，我們在和一套新的理念打交道。在這套理念中甲馋，對象是常見的埂奈，數(shù)據(jù)是多維的，往往是一張核心表及其附屬定躏。我們對一張表是熟悉的账磺，Excel極大...
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Seurat取子集時會用到的函數(shù)和方法在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中芹敌，在確定細(xì)胞類型后，除了可以進(jìn)行差異表達(dá)基因分析外垮抗，還可以針對單個細(xì)胞類型進(jìn)行分析特定分析氏捞，這時就需要我們提取細(xì)胞子集分開處理了。 一冒版、Seurat數(shù)據(jù)格式...
