Cellphonedb 安裝記錄（Linux） 1.首先在conda base環(huán)境中安裝R:conda install R(mamba install R); 2.然后創(chuàng)建c...
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2022-03-26 -
GEO數(shù)據(jù)分析中exprs提取表達(dá)矩陣多望，pData提取臨床信息
關(guān)于用getGEO下載數(shù)據(jù)后，會(huì)得到一個(gè)list惰聂，取出第一個(gè)列表中的元素后城侧，再查看這第一個(gè)元素的數(shù)據(jù)類型后易遣，發(fā)現(xiàn)他是一個(gè)對(duì)象（"ExpressionSet"），然后我們就會(huì)用...
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Seurat的打分函數(shù)AddMouduleScore在讀張澤民老師發(fā)表的新冠文獻(xiàn)的時(shí)候看到計(jì)算免疫細(xì)胞的cytokine score或inflammatory score使用了Seurat包的AddMouduleScore函數(shù)...
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單細(xì)胞實(shí)戰(zhàn)2: Seurat+SingleR--從矩陣到細(xì)胞類型注釋單細(xì)胞數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)分析Seurat流程： Seurat官網(wǎng)：https://satijalab.org/seurat/articles/get_started.html[http...
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10x Genomics RNA-seq 原理詳解近期的一系列際遇都再次論證了我真的是一個(gè)靠運(yùn)氣闖蕩江湖的人嫌佑，鬼使神差的混入了一個(gè)超棒的實(shí)驗(yàn)室豆茫，并且受到了同伴和室友在工作和生活上的無私的照顧。日子像夢一樣美好屋摇，我只想時(shí)間走的...
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CellChat：細(xì)胞間相互作用分析利器前言 我們知道揩魂，細(xì)胞間信息傳遞方式一個(gè)是細(xì)胞表面配受體的相互作用，另一個(gè)通過細(xì)胞產(chǎn)生的可溶性小分子炮温，即細(xì)胞因子火脉。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中下游，有時(shí)候我們想看某幾種細(xì)胞類型之間的相互...
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該畫上句號(hào)了柒啤，感恩倦挂！
這個(gè)號(hào)以后不會(huì)更生信學(xué)習(xí)的內(nèi)容了。如果順利的話担巩，年底畢業(yè)方援，我去工作了。下面的話涛癌，來自我的畢業(yè)論文犯戏，想貼出來，在我的博客里面拳话，感謝大家的幫助笛丙，感恩遇見，感恩這段歲月假颇。 時(shí)光荏苒...
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單細(xì)胞測序（scRNA-seq）通關(guān)||數(shù)據(jù)處理必知必會(huì)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析系列教程 sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jians...
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轉(zhuǎn)座元件專題（1）TEs as a supply of regulatory elements 1. promoter Ingenetics, apromoteris a sequence o...
