群體遺傳 - 專題 - 簡(jiǎn)書(shū)

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群體遺傳

收錄了44篇文章 · 161人關(guān)注

全基因組關(guān)聯(lián)分析學(xué)習(xí)資料（GWAS tutorial）
前言很多人問(wèn)我有沒(méi)有關(guān)于全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）原理的書(shū)籍或者文章推薦废亭。其實(shí)我個(gè)人覺(jué)得进陡，做這個(gè)分析亲铡，先從跑流程開(kāi)始，再去看原理竹挡。為什么...

13.7 橙子牛奶糖 5 126
獲得染色體水平的基因組
NG. 玉米. Genome assembly of a tropical maize inbred line provides insight...

1.3 野生擬南芥 0 4

QTLseqr包實(shí)戰(zhàn)
偶然發(fā)現(xiàn)有個(gè)R包可以做相關(guān)的QTL 分析镀娶。拿來(lái)試試。首先安裝,參考官方文檔https://github.com/bmansfeld/QTLs...

0.9 MrLong_0220 6 15
群體遺傳中基于SNP的PCA分析
基于群體遺傳中變異信息文件VCF來(lái)分析PCA 第一種方法可以使用plink軟件直接進(jìn)行分析 plink --vcf all_genotypeg...

2.0 靈動(dòng)的小豬 17 29
structure軟件使用
PCA和進(jìn)化樹(shù)雖然也可以分析群體結(jié)構(gòu)揪罕，但是一些細(xì)節(jié)的信息無(wú)法做出判斷梯码，這時(shí)候就需要單獨(dú)的對(duì)群體結(jié)構(gòu)進(jìn)行一個(gè)解讀了。在做structure的時(shí)候...

0.5 靈動(dòng)的小豬 0 6
四好啰、遺傳漂移
1. 遺傳漂移的成因產(chǎn)生遺傳漂移的實(shí)質(zhì)是有限群體遺傳信息在世代間傳遞過(guò)程中遺傳抽樣（genetic sample造成的）⌒ⅲ現(xiàn)實(shí)植物群體可看成...

WooWoods 0 2 1
全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）-群體結(jié)構(gòu)與親緣關(guān)系
1、群體結(jié)構(gòu)及其對(duì) GWAS 的影響群體結(jié)構(gòu)的來(lái)源image.png群體結(jié)構(gòu)對(duì)GWAS的影響--混淆變量Ancestry可以導(dǎo)致混淆變量（co...

3.9 Zhigang_Han 1 56

全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）-基本分析內(nèi)容
1框往、GWAS 流程 image.png數(shù)據(jù)質(zhì)控? 1）按分型百分比條件過(guò)濾鳄抒，多數(shù)文章剔除缺失率在20%以上的位點(diǎn)，樣本量較大的群體中椰弊，可以將缺失...

9.0 Zhigang_Han 4 184
玉米全基因關(guān)聯(lián)分析 ( GWAS Analysis Pipeline )
全基因組關(guān)聯(lián)分析是基于數(shù)量性狀連鎖不平衡理論许溅，通過(guò)表型與基因型關(guān)聯(lián)分析獲得影響表型性狀的顯著關(guān)聯(lián)標(biāo)記。 1. 軟件 Tassel / Gaipt...

3.4 正蹤大米飯兒 18 60
GWAS后續(xù)分析：多基因風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分(Polygenic Risk Score)的計(jì)算
一秉版、什么是多基因風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分傳統(tǒng)的GWAS研究只計(jì)算單個(gè)SNP位點(diǎn)與表型之間的關(guān)聯(lián)性贤重，再用Bonferroni校正，通過(guò)給定的閾值沐飘，篩選出顯著的S...

1.1 橙子牛奶糖 4 11