小編發(fā)現(xiàn)我們經(jīng)常使用的TCGA數(shù)據(jù)庫峭火,大概在2022年4月初進(jìn)行了更新训柴。以前RNAseq數(shù)據(jù)使用的是Htseq-counts疲吸,新版本中使用了ST...
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前面小編給大家詳細(xì)介紹過TCGA這個數(shù)據(jù)庫庙楚,以及如何從這個數(shù)據(jù)庫下載分唾,合并表達(dá)譜數(shù)據(jù)校套。然后做差異表達(dá)分析纯续,以及構(gòu)建ceRNA網(wǎng)絡(luò)。 ?[http...
鑒于前一段時間有小伙伴私聊 Immugent 說生信寶庫是不是專門只寫單細(xì)胞相關(guān)的推文呀羽莺,其實(shí)实昨,這只是湊巧最近發(fā)的都是單細(xì)胞相關(guān)的。雖然近幾年產(chǎn)...
前言 通過學(xué)習(xí)前面幾個模塊盐固,我們已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了基于多組學(xué)數(shù)據(jù)找出的乳腺癌各亞型間具有非常顯著的分子差異荒给,而我們?nèi)绻肷钊胪诰蚱浔澈髾C(jī)制,就需要找出差...
說在前面 Immugent在之前一篇推文照葫蘆畫圖之PCA[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5O...
參考: 批量下載SRR數(shù)據(jù)從NCBI-SRA和EBI-ENA數(shù)據(jù)庫下載數(shù)據(jù) 最近下載了一些比較大數(shù)據(jù)刁卜,自己感覺下載公共數(shù)據(jù)志电,最快的方法用ascp...
首先,簡單介紹一下新抗原(neoantigen)的含義,它是腫瘤細(xì)胞特異性表達(dá)而正常細(xì)胞(除了睪丸之外)的一種抗原性多肽, 它能被免疫系統(tǒng)的T細(xì)...
癌癥疫苗靶向腫瘤細(xì)胞的抗原可以大致分為兩類:腫瘤相關(guān)性抗原(tumor-associatied self-antigen)以及腫瘤特異性抗原(t...
部分一 第一步、數(shù)據(jù)下載階段 第二步:GDCdownload()下載GDCquery()得到的結(jié)果 第三步蛔趴、數(shù)據(jù)處理 第四步:TCGAanaly...
從<https://rpkgs.datanovia.com/survminer/reference/ggsurvplot_facet.html>...