Introduction KEGG[https://www.genome.jp/kegg/]（Kyoto Encyclopedia of Gen...
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KEGG 數(shù)據(jù)庫及API (1) -
Read count CPM RPKM
RNA-seq看表達量高低是看哪個值概漱？1.Read count(1)數(shù)值概念：比對到gene A的reads數(shù)。(2)用途：用于換算CPM漓概、RP...
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KEGG分析工具：pathview基本操作什么是KEGG KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系統(tǒng)分析基因功能唁情、基因組信息數(shù)據(jù)庫梧税，...
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轉錄組入門(8): 富集分析
我們統(tǒng)一選擇p<0.05而且abs(logFC)大于1的基因為顯著差異表達基因集占业，對這個基因集用R包做KEGG/GO超幾何分布檢驗分析帽蝶。然后把表...
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使用Pysam操作BAM文件
Pysam操作BAM文件 Pysam包是一個處理基因組數(shù)據(jù)的python模塊赦肋，它打包了htslib-1.3、samtools-1.3 和 bcf...
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三代測序入門移步github 測序原理 共有的特點： 優(yōu)點：無需前期擴增，不引入偏向性佃乘；讀長長缺點：錯誤率高囱井； 10X Genomics：Illumina二...
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基因共表達網絡分析-WGCNA
今天推薦給大家一個R包WGCNA，針對我們的表達譜數(shù)據(jù)進行分析趣避。 簡單介紹：WGCNA首先假定基因網絡服從無尺度分布庞呕，并定義基因共表達相關矩陣、...
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高通量測序質控及可視化工具包RSeQC本期介紹一個測序質控的工具包:RSeQC包,它提供了一系列有用的小工具能夠評估高通量測序尤其是RNA-seq數(shù)據(jù).比如一些基本模塊;檢查序列質量...
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從原始芯片.cel數(shù)據(jù)到權重基因共表達網絡(WGCNA)詳細流程看這個之前程帕，可以先看WGCNA的一些理論背景知識[http://www.reibang.com/p/e102681ec979]看完整個之后可以...
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RNA-seq數(shù)據(jù)的基因共表達網絡分析劉小澤寫于18.10.24最近開始寫第一篇英文小論文住练，練練手，為將來寫英文大論文做準備 目錄 1 背景 Background Types of ...
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