介紹如何使用SNP數(shù)據(jù)進(jìn)行GWAS分析胁塞，軟件選擇為emmax和tassel。 軟件選擇 emmaxplinkqqmanCMplot 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 v...
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重測序分析（15）GWAS分析實操（1）gwas_emmax -
GWAS：mtag (Multi-Trait Analysis of GWAS) 分析
mtag (Multi-Trait Analysis of GWAS)作用：通過對多個表型相似的GWAS summary結(jié)果進(jìn)行聯(lián)合分析坤候，發(fā)現(xiàn)更...
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7.2 GWAS：系統(tǒng)進(jìn)化樹美化——ITOL官方網(wǎng)站：https://itol.embl.de/[https://itol.embl.de/] ITOL是Interaction Tree ...
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12.GWAS：候選基因挖掘
在上一步確定好候選區(qū)間后素挽，需要找到候選區(qū)間內(nèi)的基因褐捻，即候選區(qū)間和參考基因組取交集偏螺，用到的工具是bedtools痪宰。 關(guān)于bedtools的詳細(xì)用法...
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LDSCLDSC:連鎖不平衡回歸分析 - 云+社區(qū) - 騰訊云 (tencent.com)[https://cloud.tencent.com/deve...
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表型解釋率(15條消息) GWAS分析中SNP解釋百分比PVE | 第四篇畔裕，MLM模型中如何手動計算PVE？_鄧飛----育種數(shù)據(jù)分析之放飛自我-CSDN...
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Matrix eQTL分析目前針對QTL分析有很多軟件乖订，比如Plink扮饶、 Merlin、R/qtl乍构、FastMap等等,今天給大家分享一下如何使用Matrix eQTL進(jìn)...
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復(fù)現(xiàn)《nature communications》圖表（五）：GWAS曼哈頓圖和qq圖復(fù)現(xiàn)
NC文章的全基因組部分甜无，關(guān)于GWAS的一些圖本來不想復(fù)現(xiàn)，但是看到近期很多文章包括單細(xì)胞總是會挖掘GWAS用于自己的研究哥遮，而小編負(fù)責(zé)的課題也涉及...
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Hail-GWAS教程筆記主要參考自：Hail | GWAS Tutorial[https://hail.is/docs/0.2/tutorials/01-genome-...
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BOLT-LMM用戶手冊筆記
系統(tǒng)學(xué)習(xí)下BOLT-LMM的軟件手冊岂丘， 1 概述 BOLT-LMM軟件包目前由兩種主要算法組成，即用于混合模型關(guān)聯(lián)分析的BOLT-LMM算法和用...
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