轉(zhuǎn)錄組 - 專題

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轉(zhuǎn)錄組

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第4周：大規(guī)模鑒定phasiRNA的方法
原文來源：Yang K, Wen X, Sablok G. Method for the Large-Scale Identification ...

0.9 TOP生物信息 0 7
常見NGS匯總github
https://github.com/crazyhottommy/

0.1 熱衷組培的二貨潛 0 2

一個完整的RNA-seq分析pipeline之HISAT2+ StrintTie+ Ballgown以及StringTie和Kallisto的比較(包括得到FPKM抚太、TPM塘幅、readscounts)
最重要的參考鏈接 https://pmbio.org/course/#module-06-rnaseq github鏈接：https://git...

2.8 熱衷組培的二貨潛 2 29
轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)八（功能富集分析）
轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)一（軟件安裝）轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)二（數(shù)據(jù)下載）轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)三（數(shù)據(jù)質(zhì)控）轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)四（參考基因組及gtf注釋探究）轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)五（...

2.3 Dawn_WangTP 2 45
The Power of RNA-seq
The Power of RNA-seq Wageningen, June 11-13 2018 Program Evaluation form...

wangchuang2017 0 1
tophat2+cufflinks轉(zhuǎn)錄組測序（2)—去接頭>比對>差異分析
在將原始數(shù)據(jù)和參考基因組數(shù)據(jù)處理好以后，就開始開始比對分析了比對所用到的參考基因組的索引文件和基因組注釋文件都存放在hg19文件夾將sra文件解...

2.2 邱俊輝 0 13
轉(zhuǎn)錄組入門（8）：差異基因結(jié)果注釋
作業(yè)要求我們統(tǒng)一選擇p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因為顯著差異表達基因集尿贫，對這個基因集用R包做KEGG/GO超幾何分布檢驗分...

2.3 lxmic 12 54

轉(zhuǎn)錄組入門（7）：差異基因分析
作業(yè)要求這個步驟推薦在R里面做电媳，載入表達矩陣，然后設(shè)置好分組信息庆亡，統(tǒng)一用DEseq2進行差異分析匾乓，當(dāng)然也可以走走edgeR或者limma的vo...

0.1 lxmic 3 9
轉(zhuǎn)錄組入門（6）：reads計數(shù)
作業(yè)要求 1.實現(xiàn)這個功能的軟件也很多，還是煩請大家先自己搜索幾個教程又谋，入門請統(tǒng)一用htseq-count钝尸，對每個樣本都會輸出一個表達量文件。2...

0.2 lxmic 1 8
轉(zhuǎn)錄組入門（5）：序列比對
作業(yè)要求比對軟件很多搂根，首先大家去收集一下珍促，因為我們是帶大家入門，請統(tǒng)一用hisat2剩愧，并且搞懂它的用法猪叙。直接去hisat2的主頁下載index...

0.2 lxmic 4 9