High tumor mutational burden (TMB) identifies a microsatellite stable pa...
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探索與高 TMB 相關(guān)的免疫結(jié)構(gòu)模式（IF9+） -
bulk RNA-Seq （2）比對到參考基因組歡迎關(guān)注Bioinfor 生信云！ 上一篇推文講了bulk RNA-Seq 的數(shù)據(jù)清洗部分，接下來就是將清洗后的數(shù)據(jù)比對到參考基因組上（有參）。...
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bulk RNA-Seq (1) 數(shù)據(jù)清洗歡迎關(guān)注bioinfor 生信云微信公眾號！ 今天我們來講一講bulk轉(zhuǎn)錄組測序的數(shù)據(jù)清洗部分建芙。 RNA-Seq是技術(shù)相對更成熟，應(yīng)用最廣泛，最...
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TCGAbiolinks包報錯：“Can't subset columns past the end”
2022年4月规哪，TCGA數(shù)據(jù)庫進行了一次更新，原來的HT-RNASeq數(shù)據(jù)被替換成了Star-RNASeq塌衰，這導(dǎo)致原有的TCGAbiolinks...
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R實戰(zhàn)|Nomogram(諾莫圖/列線圖)及其Calibration校準曲線繪制R實戰(zhàn)|Nomogram(諾莫圖/列線圖)及其Calibration校準曲線繪制 Nomogram诉稍，中文常稱為諾莫圖或者列線圖。簡單的說是將Lo...
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【哈佛大學(xué)：計算生物學(xué) & 生物信息學(xué)】學(xué)習(xí)記錄（五）為什么沒有（四）最疆？（四）主要說的就是SAM格式杯巨，網(wǎng)上一搜就有，就沒必要了（五）就草草地記錄了Chapter 4.1: RNA-Seq Appli...
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RNA-seq入門實戰(zhàn)（三）：從featureCounts與Salmon輸出文件獲取counts矩陣本節(jié)概覽：從featureCounts輸出文件中獲取counts與TPM矩陣:讀取counts.txt構(gòu)建counts矩陣努酸；樣品的重命名和分組服爷；...
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RNA-seq名詞解釋（1）
一、基本概念 RNA-seq即轉(zhuǎn)錄組測序[https://baike.baidu.com/item/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%...
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GSEA分析
加載需要的包 定義函數(shù)：格式化輸入數(shù)據(jù)函數(shù) 輸入差異表達矩陣生成對基因按照logfoldchange值進行排序的entrez id 定義函數(shù)：G...
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十一步帶你解構(gòu)GEO分析常規(guī)流程（一）PDAC數(shù)據(jù)分析-GSE16515-GPL570 致讀者語：本人接下來的九篇GEO解析文章將基于此获诈，不斷進行迭代仍源，嘗試讓核心步驟、讓圖文與讓結(jié)構(gòu)...
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