寫(xiě)在前面：經(jīng)常做轉(zhuǎn)錄組分析游两，就是把差異基因搞個(gè)火山圖和Venn圖看各組差異基因的共有和特有情況颂碘。看見(jiàn)有個(gè)比較好的選擇诺擅，能直觀比較各種處理帶來(lái)的影...
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轉(zhuǎn)錄組DEGs聚類(lèi)熱圖和功能富集分析 -
Hisat2+FeatureCounts+DESeq2流程+作圖晨横！featureCounts是一個(gè)用來(lái)統(tǒng)計(jì)count數(shù)的軟件，運(yùn)行的速度飛快鸠天，比之前用的htseq-count快了好多好多讼育。 照例先說(shuō)一下怎么下載...
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FastpFastp簡(jiǎn)介 fastp是一款數(shù)據(jù)質(zhì)控過(guò)濾軟件，作者是陳實(shí)富稠集，來(lái)自深圳海普洛斯公司奶段。該軟件可以實(shí)現(xiàn)fastqc-Trimmomatic-fas...
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轉(zhuǎn)錄組綜合分析包TomicsVis | 最終還是有人做了!!!!寫(xiě)在前面 這個(gè)包最終還是有人做了，前面的微生物中Wen Tao&Yong Xin Liu在Protein & Cell IF 21.1中發(fā)表了T...
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day44 轉(zhuǎn)錄組軟件安裝 北鯤云
經(jīng)歷了一周的時(shí)間在學(xué)校服務(wù)器上痛苦的安裝各種軟件剥纷，各種軟件沖突痹籍，各種報(bào)錯(cuò)，各種conda連接問(wèn)題晦鞋，換源蹲缠，沒(méi)有GLIBC2.14問(wèn)題棺克，LC_ALL...
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RNA-seq入門(mén)（一）數(shù)據(jù)下載和格式轉(zhuǎn)換進(jìn)入NCBI官網(wǎng)后選擇GEO，輸入GSE183976线定，進(jìn)入數(shù)據(jù)下載頁(yè)面娜谊。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/qu...
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conda下載及安裝以前做生物信息都需要去各種各樣的生物軟件官網(wǎng)進(jìn)行軟件下載，不過(guò)現(xiàn)在有一個(gè)conda就夠了斤讥。它就像是我們windows系統(tǒng)里的360軟件中心纱皆，大部...
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RNA-seq入門(mén)（二）質(zhì)控及fastqc報(bào)告解讀一、質(zhì)控 前面我們從GEO下好了SRA數(shù)據(jù)并轉(zhuǎn)換為fastq文件芭商，現(xiàn)在需要對(duì)fastq文件進(jìn)行質(zhì)控派草，這里用的軟件為fastqc。首先建好文件夾用...
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RNA-seq入門(mén)（三）比對(duì)铛楣、輸出表達(dá)矩陣一近迁、hisat2進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組比對(duì) 1. 首先下載參考基因組 在NCBI,UCSC和Ensemble數(shù)據(jù)庫(kù)都可以下載到參考基因組，這里下載UCSC的...
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轉(zhuǎn)錄組上游分析教程 | 課程介紹引言 大家好蛉艾，我是小杜钳踊。 從2022年開(kāi)始關(guān)注的同學(xué)知道，“小的生信筆記”面對(duì)的對(duì)象是針對(duì)零基礎(chǔ)的同學(xué)勿侯，尤其是自學(xué)的同學(xué)拓瞪。我感覺(jué)對(duì)于這些同學(xué)多多...
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