以前做生物信息都需要去各種各樣的生物軟件官網(wǎng)進行軟件下載笨蚁，不過現(xiàn)在有一個conda就夠了赋续。它就像是我們windows系統(tǒng)里的360軟件中心，大部分軟件都可以通過它來進行下載和安裝，下面就介紹一下conda的下載及安裝。
一猪半、下載
linux版本下載
https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html#linux-installers
打開終端輸入
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py38_4.12.0-Linux-x86_64.sh
這樣很快就下載好了
二、安裝
sh Miniconda3-py38_4.12.0-Linux-x86_64.sh
一直點ENTER鍵偷线，到這里時輸入yes
接下來是確認安裝位置磨确，點ENTER就可以了
最后一步輸入yes
安裝完成
檢查是否安裝成功
運行conda 命令檢驗安裝是否成功
激活conda
進入miniconda3的bin目錄下面，看到有一個activate
運行
source ./activate
這時候我們的用戶名前面就會出現(xiàn)(base)声邦，激活成功乏奥。
三、配置鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
查看已經(jīng)添加的channels
conda config --get channels
四亥曹、創(chuàng)建環(huán)境
我們做一個項目時可以創(chuàng)建一個新環(huán)境邓了，把所有的軟件都裝在這個環(huán)境下，因為有的軟件它是python2版本媳瞪，而有的是python3版本骗炉，所以需要把它們分開，這時創(chuàng)建一個python2或python3的環(huán)境就很有必要了蛇受。
conda create -n rna python=2
這里需要注意一下句葵，如果沒有重啟電腦的話，這步經(jīng)常會報錯：CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url
出現(xiàn)這個錯誤不要慌，只需重啟下電腦再運行一下conda create -n rna python=2就OK了乍丈。
查看環(huán)境
conda env list
進入環(huán)境
conda activate rna
這時候我們的用戶名前面就會出現(xiàn)(rna)
五剂碴、conda安裝軟件
conda install -y sra-tools ##下載公共數(shù)據(jù)庫測序數(shù)據(jù)
conda install -y fastqc cutadapt trim-galore fastp ##對測序文件質(zhì)控
conda install -y bwa star ##兩個常用的比對軟件
conda install -y samtools
conda install -y bcftools
conda install -y vcftools snpEff
conda install -y multiqc qualimap featureCounts
每裝一個軟件都可以使用--help來查看它是否安裝成功，如果彈出幫助信息說明安裝成功轻专。
