GWAS學(xué)習(xí) - 專題

投稿

收錄了10篇文章 · 6人關(guān)注

EIGENSTRAT計(jì)算PCA的顯著性
之前我寫過一篇文章群體遺傳分析分層校正叶圃，該選用多少個(gè)PCA?，里面提到可以通過EIGENSTRAT軟件確定顯著的主成分娜扇，后續(xù)就可以將顯著的主成分...

0.4 橙子牛奶糖 5 6
SNP功能注釋網(wǎng)站合集
這篇文章是對(duì)SNP位點(diǎn)功能注釋在線網(wǎng)站的一個(gè)總結(jié)帖橡伞。軟件排名不分先后，優(yōu)先順序可以看推薦指數(shù)。彩蛋在最后前计，請(qǐng)堅(jiān)持看完 1、GWAS4D, 推...

8.3 橙子牛奶糖 1 69

LDtrait工具: 查找SNP及其高度連鎖位點(diǎn)顯著相關(guān)的表型
一周前Cancer Res (IF: 8.378) 新發(fā)了一篇文章“LDtrait: An Online Tool for Identifyin...

0.8 橙子牛奶糖 0 4
GWAS分析-說人話（15）- 如何查看SNP所在的基因
前言當(dāng)我們獲得一堆“感興趣”/“有意義”的SNPs之后垃杖，怎樣知道這些SNPs所在的基因呢男杈？不要告訴我一個(gè)一個(gè)在pubmed查就好～我們需...

2.3 醫(yī)學(xué)小蛋散 4 27
群體進(jìn)化-GWAS分析
群體進(jìn)化-gwas分析群體進(jìn)化基礎(chǔ)分析 PCA 分析原理PCA(Principal Component Analysis)，即主成分分...

7.5 點(diǎn)滴生信 5 70
LDheatmap | SNP連鎖不平衡圖（LD）可視化缩滨，自己數(shù)據(jù)實(shí)現(xiàn)版势就！
本文首發(fā)于“生信補(bǔ)給站”，https://mp.weixin.qq.com/s/Gl6BChxSYbSHMo9oMpufPg 連鎖不平衡圖脉漏，用來...

1.7 生信補(bǔ)給站 1 20
LD衰減圖的理解與應(yīng)用
在群體遺傳學(xué)研究中苞冯，LD連鎖不平衡分析是最常見的分析內(nèi)容，也是關(guān)聯(lián)分析的基礎(chǔ)侧巨。如何正確理解并且進(jìn)行相關(guān)的LD連鎖不平衡分析是群體遺傳中很基本的一...

7.2 lakeseafly 14 92 2

「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第三課: 如何對(duì)SNP位點(diǎn)進(jìn)行過濾
往期教程「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第一課: 對(duì)SNP位點(diǎn)進(jìn)行注釋「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第二課: 畫出和文章幾乎一樣的PCA圖 SNP位點(diǎn)過濾 SNP過濾...

2.4 付費(fèi) xuzhougeng 0 31 2
「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第二課: 畫出和文章幾乎一樣的PCA圖
主成分分析(PCA)是一種線性降維方法舅锄，能從紛繁復(fù)雜的數(shù)據(jù)中抽離出關(guān)鍵因素，用來區(qū)分不同的樣本司忱。這里我們不談PCA背后的數(shù)學(xué)原理皇忿，只談哪些軟件能...

1.4 付費(fèi) xuzhougeng 6 20
「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第一課: 對(duì)SNP位點(diǎn)進(jìn)行注釋
我們用于實(shí)戰(zhàn)的數(shù)據(jù)集來自于2019年發(fā)表于NG的西瓜文章，它提供了GATK過濾后的SNP數(shù)據(jù)集用于分析坦仍，并且附錄提供了完整的樣本信息鳍烁。該SNP數(shù)...

2.1 xuzhougeng 2 31