微生物 - 專題

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微生物

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宏基因組測序分析（五）β多樣性分析
β多樣性 β多樣性：指沿環(huán)境梯度不同生境群落之間物種組成的相異性涵但，也被稱為生境間的多樣性（between-habitat diversity），...

Bioinfor生信云 0 0
GTDB-tk注釋細(xì)菌基因組
文獻(xiàn) 1標(biāo)題：A complete domain-to-species taxonomy for Bacteria and Archaea[ht...

1.0 胡童遠(yuǎn) 0 8

2022微生物組學(xué)擴(kuò)增子數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)pipeline
內(nèi)部培訓(xùn)資料（2022.10.29） QIIME 2分析實(shí)例--人類腸癌不同部位微生物多樣性分析 “Moving Pictures” tutor...

0.7 Larrylu007 0 10
CheckV評(píng)估病毒序列
標(biāo)題：CheckV assesses the quality and completeness of metagenome-assembled ...

5.5 胡童遠(yuǎn) 0 5
R可視化——Mantel test分析及可視化
????此前我們已經(jīng)講過了如何使用R語言計(jì)算兩列數(shù)據(jù)相關(guān)性的分析方法帖蔓，今天矮瘟，我們來看一種檢驗(yàn)兩個(gè)矩陣相關(guān)關(guān)系的方法——Mantel test方法...

2.4 科研那點(diǎn)事兒 1 18
R稀疏矩陣轉(zhuǎn)化稠密矩陣|使用as.matrix()報(bào)錯(cuò)：Cholmod error 'problem too large'
在進(jìn)行一些數(shù)據(jù)分析是經(jīng)常會(huì)需要將一個(gè)數(shù)據(jù)對象轉(zhuǎn)化為矩陣，以及稀疏矩陣（sparse matrix）和稠密矩陣之間的互化讨阻。問題&報(bào)錯(cuò) 在R環(huán)境中...

2.1 紛紛不可訴 9 23
R: PCoA加上散點(diǎn)標(biāo)記
菌群相對豐度數(shù)據(jù)芥永，用bray-curtis計(jì)算樣本間的距離篡殷，接著用PCOA降維并作散點(diǎn)圖钝吮。ggrepel包可為ggplot提供geom_text...

5.7 胡童遠(yuǎn) 0 5

跟著Microbiome學(xué)作圖：R語言ggplot2畫堆積柱形圖展示微生物門水平的相對豐度
論文 Reduced diversity and altered composition of the gut microbiome in in...

8.2 小明的數(shù)據(jù)分析筆記本 0 28 1
Nature | 2型糖尿病腸道微生物群的宏基因組關(guān)聯(lián)研究
文章信息：標(biāo)題：A metagenome-wide association study of gut microbiota in type 2 ...

0.5 胡童遠(yuǎn) 0 4
好書推薦——病毒宏基因組學(xué)：方法和指南
目前爆發(fā)的新冠狀病毒再次讓人們意識(shí)到了病毒的重要性。病毒不僅可以使包括人在內(nèi)的動(dòng)植物致病板辽，也對生態(tài)與進(jìn)化有著重要的作用奇瘦，然而目前人們對其卻所知甚...

0.3 SYSU星空 0 3