發(fā)簡信
IP屬地：浙江
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R 進(jìn)階cheat sheet一隔嫡、數(shù)據(jù)框切片 去掉數(shù)據(jù)框具體某一列一階：切片，不要那個就負(fù)號去除书在，例如df[,c(-1,-3,-5)]灰伟。顯然如果數(shù)據(jù)框比較大，又是中間的項(xiàng)儒旬，就...
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大數(shù)據(jù)量單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理方式
單細(xì)胞數(shù)據(jù)爆發(fā)栏账，現(xiàn)在細(xì)胞數(shù)據(jù)隨便就是萬和百萬級別，除了有許多專門開發(fā)出來快速處理百萬級的工具包（例如Cumulus等）和down sample的...
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Seurat 報錯記錄
bug千千萬栈源，改完又忘发笔，忘了又出…… 記錄在Seurat分析中各種各樣的花式bug們 1. FindVariableFeatures()報錯 這...
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提取基因組fasta與比對bam/sam文件序列二代、三代測序被廣泛應(yīng)用凉翻，組學(xué)數(shù)據(jù)爆發(fā)了讨，經(jīng)常會遇到需要可視化比對效果的情況，常用的可是化工具就是IGV, samtools, tablet等制轰，但...
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pyscenic生成auc.loom文件卻缺失regulon信息pyscenic在通過loom文件讀入單細(xì)胞數(shù)據(jù)運(yùn)行前计，最后會生成所有的文件，包括最后一步AUCell的結(jié)果垃杖，但是實(shí)際提取時會發(fā)現(xiàn)regulon信...
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pyscenic的結(jié)果不可重復(fù)一男杈、pyscenic的結(jié)果不可重復(fù) 最近在運(yùn)行pyscenic的結(jié)果的時候發(fā)現(xiàn)了兩次相同參數(shù)相同數(shù)據(jù)的結(jié)果存在不一致，回溯發(fā)現(xiàn)scenic的第一...
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conda默認(rèn)的cache緩存文件重定向
1. 問題 當(dāng)使用conda安裝包時调俘，搭建輪子會默認(rèn)使用home目錄下的存儲伶棒，但是有時候一次性安裝的包比較多旺垒，home目錄又小得可憐就會遇到如下...
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sc.pp.normalize_per_cell和sc.pp.normalize_total()scanpy的標(biāo)準(zhǔn)化從sc.pp.normalize_per_cell()更新成了sc.pp.normalize_total()，它官方也是建議...
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scanpy文件讀取h5ad的一個BUG
BUG 當(dāng)正常使用anndata或者scanpy讀入數(shù)據(jù)的時候肤无，如下 常規(guī)操作先蒋，數(shù)據(jù)可能也是自己用anndata儲存的，但是讀入馬上會出現(xiàn)一段非...