vcf文件儲(chǔ)存的是樣本的變異信息文件讶迁，在同一批次分析中舶治，如果不是采用joint calling的方式進(jìn)行分析，最終會(huì)獲得單個(gè)樣本的變異數(shù)據(jù)。這種...
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多款軟件進(jìn)行vcf合并-gatk巩剖、vcftools、bcftools
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MUMMER 兩個(gè)基因組間比較MUMmer出現(xiàn)的歷史背景測(cè)序技術(shù)剛開始發(fā)展的時(shí)候婆排，大家得到的序列都是單個(gè)基因的長(zhǎng)度，所以一般都是逐個(gè)基因的比較笔链，用的都是BLAST或FASTA...
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Fst的計(jì)算原理與實(shí)戰(zhàn)
概念回顧 Fst：群體間遺傳分化指數(shù)段只，是種群分化和遺傳距離的一種衡量方法，分化指數(shù)越大鉴扫，差異越大翼悴。適用于亞群體間多樣性的比較。 用于衡量種群分化...
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作圖群體概念及分類介紹這是很多年前做的關(guān)于作圖群體的PPT幔妨，懶得再排版了鹦赎，直接截圖上傳了，需要PPT的可以私信小編误堡。在介紹作圖群體前我們先看一下之類性狀和數(shù)量性狀的差...
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「GATK 3.8」FastaStats和CountReads介紹
GATK的本職工作是Variant calling古话，但是就像我之前所說的，它作為基因組分析工具箱锁施，還是有很多其他工具陪踩，今天學(xué)習(xí)的是診斷和質(zhì)量控制...
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「簡(jiǎn)化基因組」如何過濾用GATK分析得到的SNPGATK官方提供了一個(gè)SNP過濾的標(biāo)準(zhǔn)，howto-apply-hard-filters-to-a-call-set,如果你按照它的要求來過濾簡(jiǎn)...
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生信學(xué)習(xí)筆記：使用SNP data做基因滲入分析 (1)
最近想用自己有的數(shù)據(jù)做一下基因滲入的分析悉抵。由于之前沒有了解過太多這方面的知識(shí)肩狂，于是從github上找到了一份不錯(cuò)的教程，借此機(jī)會(huì)與大家一起學(xué)習(xí)一...
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LD衰減圖的理解與應(yīng)用
在群體遺傳學(xué)研究中姥饰，LD連鎖不平衡分析是最常見的分析內(nèi)容傻谁，也是關(guān)聯(lián)分析的基礎(chǔ)。如何正確理解并且進(jìn)行相關(guān)的LD連鎖不平衡分析是群體遺傳中很基本的一...
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連鎖不平衡（LD）分析列粪。在群體遺傳學(xué)研究中审磁，LD連鎖不平衡分析是非常常見的內(nèi)容，同時(shí)也是關(guān)聯(lián)分析的基礎(chǔ)岂座。在很多的遺傳進(jìn)化GWAS的文章中都會(huì)出現(xiàn)LD衰減或者block單...
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PCA的分析
常用的工具 PCA分析中常用的工具有GCTA中的PCA模塊态蒂，老牌的軟件EIGENSOFT中的smartpca，還有很多最近推出的R包都能夠做PC...
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