RNA 數(shù)據(jù)下載后，如果處理成read counts matrix的話塔插，是一定要進(jìn)行基于基因長度的標(biāo)準(zhǔn)化的（TMP屋摇，RPKM丘跌，TPKM等）波闹。目前...
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TPM、RPKM與FPKM相互轉(zhuǎn)換
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一文學(xué)會常規(guī)轉(zhuǎn)錄組分析
數(shù)據(jù)來源：Cytosolic acetyl-CoA promotes histone acetylation predominantly at ...
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非編碼miRNA的簡單了解劉小澤寫于18.12.15本來不知道要寫點(diǎn)什么荒吏，但是想起來自己一直接觸的都是編碼的RNA沾谜，對于大部分非編碼RNA的還不了解膊毁，于是借著這次機(jī)會先稍...
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安裝Aspera Connect工具下載sra數(shù)據(jù)
比較悲催的是現(xiàn)在下不了，查了很多沒有找到解決辦法 加上一個端口參數(shù) -P 33001基跑，貌似可以下載了（今天2019.5.23晚上在摸索下） 一婚温、...
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轉(zhuǎn)錄組分析入門 1 —— 背景知識1. 轉(zhuǎn)錄組測序要測什么？ ??mRNA：最常見的轉(zhuǎn)錄組測序媳否，建庫一般選200-300bp的片段栅螟，PE150或125測序 ??microRNA：將m...
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【測序?qū)嶒?yàn)】如何從UCSC、RefSeq篱竭、Ensembl中下載參考基因組序列以人類參考hg38為例力图，介紹基因組及注釋文件格式 一、hg38在三大基因組數(shù)據(jù)庫中的主頁 1. UCSC進(jìn)入UCSC官網(wǎng)下載頁面》拉到Dec. ...
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菜鳥自學(xué)02：下載參考基因組及構(gòu)建bowtie2索引
把之前寫在CSDN的博文搬運(yùn)了過來掺逼，集中記錄自己的學(xué)習(xí)過程吃媒。 1.下載參考基因組 根據(jù)文章里的“Data deposition: The seq...
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Anaconda安裝R語言1.直接按照R未遂 一直以來想在服務(wù)器上安裝R，可惜沒有root權(quán)限，一直沒有安裝成功晓折，期間我嘗試過多種方法進(jìn)行按照惑朦，比如獨(dú)釣寒江的博客（htt...
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無root權(quán)限Linux下安裝R 3.4.4及其依賴包等環(huán)境配置
最近課題用到的一個軟件需要運(yùn)行RScript，因此踏入了在Linux服務(wù)器上安裝R的坑漓概，一把辛酸淚漾月，特此記錄一下。 1. 下載并解壓R 3.4....
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轉(zhuǎn)錄組分析——STAR+RSEM+Deseq2STAR+RSEM+Deseq2視頻課程鏈接已經(jīng)公開, https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?...
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