Introduction 上一篇里通過Metabat2了解了宏基因組分箱的關(guān)鍵步驟单雾，這篇文章將介紹一個更全面的binning流程：MetaWRA...

導(dǎo)讀 第一次做宏基因組還是在2018年荆责，現(xiàn)在2021很多軟件數(shù)據(jù)庫大更新娜搂，這里搭建目前比較受認(rèn)可的流程漠秋，即用Kneaddata（trimmoma...

基于測序數(shù)據(jù)懈息，使用 kraken2 進(jìn)行 reads 的物種注釋风范，使用 braken進(jìn)行豐度估計咨跌，之后基于豐度進(jìn)行物種多樣性分析及差異物種分析。...

1 samtools ? SAM全稱是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比對或聯(lián)配數(shù)據(jù)的格式锌半。無論是重測序，還是...

QUAST是評估基因組組裝質(zhì)量的常用工具寇漫，可計算N50等contig基本信息（without reference）刊殉，也可通過比對參考基因組計算f...

組裝結(jié)果統(tǒng)計 下面對組裝得到fasta 格式基因組序列進(jìn)行長度、N50 等統(tǒng)計州胳。 使用assembly-stats對組裝結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計 下載地址：...

BLAST的主要理念 blast是區(qū)段比對，對于給定的兩個序列瓤湘，blast會把具有相似性的片段（hit）找出來瓢颅，顯示的是hit的信息。 Sear...