數(shù)據(jù)庫(kù)及工具方法學(xué) - 專題

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maftools|TCGA腫瘤突變數(shù)據(jù)的匯總狭归，分析和可視化
本文首發(fā)于公眾號(hào)“生信補(bǔ)給站”燕侠，https://mp.weixin.qq.com/s/WG4JHs9RSm5IEJiiGEzDkg 之前介紹了使...

3.6 生信補(bǔ)給站 5 44
R地圖系列(2)：maptools＋ggplot2包添加地圖元素
接上一篇馋记，R地圖系列(1)：maptools包繪制中國(guó)地圖,如果沒有讀過第一篇的讀者建議回去瀏覽一遍挂绰。由上一篇文章得知鸽粉，我們的數(shù)據(jù)已經(jīng)保存在ma...

0.8 周書恒 1 8

腫瘤突變分析神器-maftools包
得益于曾老師的介紹引導(dǎo)箍铲，了解此包冻押。了解一個(gè)包拨齐，先看包的說明書鳞陨，包的用法都在里面。maftools包說明書 1.安裝包瞻惋，加載包 source("h...

2.4 Dr_grass 7 39
一致性聚類ConsensusClusterPlus
介紹一致性聚類是一種為確定數(shù)據(jù)集中可能的聚類的數(shù)量和成員提供定量證據(jù)的方法厦滤，例如作為微陣列基因表達(dá)。這種方法在癌癥基因組學(xué)中得到了廣泛應(yīng)用歼狼，在...

2.6 nnlrl 15 28
dplyr總結(jié)篇
dplyr-總結(jié) 有必要對(duì)dplyr進(jìn)行一個(gè)總結(jié) 對(duì)行處理數(shù)據(jù)處理對(duì)于行的處理掏导，我們也稱為觀測(cè)。主要包括：filter和arrange-fil...

1.1 醫(yī)科研 0 3
什么羽峰？熱圖趟咆，你不會(huì)掰彎？
寫在前面很久很久以前限寞，TBtools推出了熱圖工具忍啸。在后續(xù)用戶的使用過程中，我們發(fā)現(xiàn)履植，有時(shí)候我們可能像一次展示上百個(gè)基因计雌。這樣會(huì)使得整個(gè)圖片顯...

3.1 生信石頭 0 25 1
[數(shù)據(jù)庫(kù)] 腫瘤位點(diǎn)相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)
腫瘤研究相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)：最經(jīng)典的Cosmic數(shù)據(jù)庫(kù)COSMIC 全稱：Catalogue of somatic mutation in cance...

1.7 happyxhz 0 19

GWAS:網(wǎng)頁(yè)版的基因型填充（genotype imputation）
在全基因組關(guān)聯(lián)分析中，處理芯片數(shù)據(jù)時(shí)玫霎，必須走的一個(gè)流程就是基因型數(shù)據(jù)填充（imputation）凿滤。當(dāng)然妈橄，如果你拿到的是全測(cè)序的數(shù)據(jù)，請(qǐng)忽略這一...

1.0 橙子牛奶糖 14 9
ConsensusClusterPlus: R中實(shí)現(xiàn)鑒定簇集數(shù)及其成員的算法
無監(jiān)督分析下鑒定簇集數(shù)及成員 Wilkerson, D. M, Hayes, Neil D (2010). “ConsensusClusterP...

2.2 美式永不加糖 5 27
ggpubr-專為學(xué)術(shù)繪圖而生（二）
作者：白介素2相關(guān)閱讀：ggpubr-專為學(xué)術(shù)繪圖而生（二）ggstatsplot-專為學(xué)術(shù)繪圖而生(一)R語言生存分析-02-ggforest...

5.5 醫(yī)科研 2 50