仍然是兩年前的筆記 1. prepare-reference 如果用RSEM對(duì)比對(duì)后的bam進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本定量肠槽,則在比對(duì)過程中要確保比對(duì)用到的索引是...
數(shù)據(jù)來源:Cytosolic acetyl-CoA promotes histone acetylation predominantly at ...
1. 導(dǎo)入數(shù)據(jù) 注意翩迈,因?yàn)槲覟榱俗詣?dòng)補(bǔ)全變量名,使用了attach()。如果沒有用這個(gè)创译,像survfit() coxph()這些函數(shù)還需要加上d...
1. 導(dǎo)入數(shù)據(jù) 2. 將原始數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為生存數(shù)據(jù) 3. KM生存曲線 4. log-rank檢驗(yàn) 5. Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型 6. PH假定的檢驗(yàn)
這是一篇純生信的3.5分文章,主要涉及的是小RNA: phasiRNA墙基。小麥的基因組前兩年才發(fā)表软族,而類似的研究以前在水稻中做過比較多刷喜,因此對(duì)于做...
GSEA涉及到很多文件格式立砸,參考:GSEA數(shù)據(jù)格式掖疮。 在《GTEx: 如何找組織特異表達(dá)的基因》中,已經(jīng)討論了如何求組織特異表達(dá)的基因集颗祝,這里直...
官網(wǎng)--https://gtexportal.org/home/數(shù)據(jù)下載鏈接--https://gtexportal.org/home/data...
1. 降解組(測(cè)序)是什么浊闪?分析原理是什么? 在植物中螺戳,通常miRNA與靶標(biāo)序列結(jié)合緊密搁宾,在結(jié)合位點(diǎn)的第10/11位堿基處直接剪切mRNA從而調(diào)...
用到的軟件是TargetFinder,軟件的具體安裝見:https://github.com/carringtonlab/TargetFinde...