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使用ldsc計(jì)算多個性狀的遺傳相關(guān)性和遺傳力
ldsc github[https://github.com/bulik/ldsc] 1. 安裝ldsc 2. 開始計(jì)算遺傳力 需要提前準(zhǔn)備好G...
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plink常用的命令總結(jié)1. 常用的各種格式之間的轉(zhuǎn)換 在獲得vcf文件之后，經(jīng)過過濾和提取SNP的變異之后共缕，獲得snp.vcf文件(從fq到vcf這些可以看GTAK4...
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GWAS分析結(jié)果的顯著性閾值選擇
繪制曼哈頓圖的時候，需要指定一個顯著的閾值線常規(guī)的閾值是0.05/n或0.01/n收叶。n是基因型的標(biāo)記數(shù)量（snp的數(shù)量）骄呼。但是因?yàn)榇嬖谶B鎖不平衡...
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GWAS的分類GWAS，全基因組關(guān)聯(lián)分析 根據(jù)使用的表型不同可以分為下面的不同種類的GWAS: 普通的表型（株高判没、產(chǎn)量、葉夾角隅茎、葉面積）：GWAS 使用轉(zhuǎn)錄組...
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GWAS共定位分析
共定位的類型包括： GWAS和eQTL[基因的表達(dá)數(shù)量性狀位點(diǎn)]共定位澄峰； GWAS和sQTL[剪切]共定位；NC文獻(xiàn)[https://www.n...
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rMVP:一個用于GWAS分析的R包
rMVP的github[https://github.com/xiaolei-lab/rMVP]rMVP主要是優(yōu)化內(nèi)存的使用辟犀，使用了多線程俏竞，猜測...
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孟德爾隨機(jī)化分析：用于分析基因和表型之間的相關(guān)性
孟德爾隨機(jī)化分析（MR）典型實(shí)例：大胸女生與不愛運(yùn)動之間的關(guān)系[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg2MDA...
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GWAS流程
1. 重新構(gòu)建遺傳圖譜 2. 基因型插補(bǔ)——impute2 3. 質(zhì)量控制 QCTOOL V2 http://www.well.ox.ac.u...
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GWAS學(xué)習(xí)
學(xué)習(xí)地址[http://www.reibang.com/p/53362fe881cd]https://genome.sph.umich.edu...
