GWAS，全基因組關(guān)聯(lián)分析
根據(jù)使用的表型不同可以分為下面的不同種類的GWAS:
普通的表型（株高之剧、產(chǎn)量郭卫、葉夾角、葉面積）：GWAS
使用轉(zhuǎn)錄組測序背稼，把基因的表達(dá)量作為表型：eGWAS
使用代謝物測序贰军，把各種代謝物的表達(dá)量作為表型：mGWAS
MWAS: metabolome-wide association study 宏基因組（微生物）關(guān)聯(lián)分析，
TWAS的原理示意圖：
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TWAS分為三步:
- 第一步蟹肘，基于reference panel來建模词疼，構(gòu)建SNP和基因表達(dá)量之間的關(guān)系。reference panel中的樣本同時(shí)擁有基因分型和表達(dá)量的結(jié)果帘腹，根據(jù)距離確定基因?qū)?yīng)的SNP位點(diǎn)贰盗，比如選擇基因上下游500kb或者1M范圍內(nèi)的SNP位點(diǎn)，擬合這些SNP位點(diǎn)和基因表達(dá)量之間的關(guān)系
- 第二步阳欲，用第一步建模的結(jié)果來預(yù)測另外一個(gè)隊(duì)列的基因表達(dá)量舵盈，這個(gè)隊(duì)列中的樣本量只有GWAS結(jié)果陋率，稱之為gwas cohort， 這一步可以看做是對(duì)gwas cohort中的基因表達(dá)量進(jìn)行填充
- 第三步书释，用填充之后的基因表達(dá)量來分析基因和性狀之間的關(guān)聯(lián)
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