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FASTQC-遇到的java.lang.NullPointerException: Cannot load from short array because "sun.awt.FontConfi...問題最初產(chǎn)生于conda安裝了java-jdk和fastqc后稚叹，fastqc仍然無法使用被饿，用java --version確認之后發(fā)現(xiàn)java的V...
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GEO數(shù)據(jù)上傳1岗屏、創(chuàng)建賬號將數(shù)據(jù)上傳到GEO[https://www.plob.org/tag/geo]數(shù)據(jù)庫禽捆，首先要創(chuàng)建并登陸NCBI帳號藐石， 然后進入提交的...
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bigwig轉(zhuǎn)bed文件
bigwig轉(zhuǎn)bed文件首先需要將bigwig轉(zhuǎn)為wig文件 利用BEDOPS的 wig2bed]將wig文件轉(zhuǎn) bed文件 參考：https:...
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scHCL || 鑒定人的單細胞數(shù)據(jù)細胞類型
以自己的seurat對象的分群來鑒定細胞類群 參考：https://github.com/ggjlab/scHCL[https://github...
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對10X單細胞reads進行隨機抽樣
此功能使用樣本中的信息通過指定的道具對每個分子的讀數(shù)進行下采樣。然后吨悍，它基于具有非零讀取計數(shù)的分子構(gòu)造一個UMI計數(shù)矩陣扫茅。目的是消除技術(shù)噪聲中的...
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cellranger拆分BCL數(shù)據(jù)cellranger mkfastq Illumina測序下機后的數(shù)據(jù)為 原始數(shù)據(jù)（raw base call ）BCL文件，拿到BCL文件之后...
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蛋白ID轉(zhuǎn)基因ID
將Ensembl 中的蛋白ID轉(zhuǎn)化成基因ID,可以通過clusterProfiler這個包育瓜。如以大鼠的基因與蛋白轉(zhuǎn)化為例;安裝clusterPr...
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URD包分析單細胞數(shù)據(jù)因為沒有找到提供的測試數(shù)據(jù)集葫隙，就用之前用seurat分析過的不同時期的心臟單細胞數(shù)據(jù)跑一邊吧。E9.5_P21.combined@assays$...
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clustree為聚類可視化在單細胞的研究中躏仇，經(jīng)常需要做的就是聚類恋脚。在聚類的時候，對于聚出多少個cluster焰手，一個相關(guān)的參數(shù)是resolution糟描，當(dāng)數(shù)值小的時候，clu...
