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高通量測序中的接頭（adapter）到底是什么首先放一張測序示意圖，在DNA片段兩端所加的序列即接頭序列仔引，也就是我們今天要講述的主角。 1 基本概念 1.1 adapter 接頭台谊，為一段已知...
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回顧illumina 雙端測序原理
回顧二代雙端測序原理 雙端測序 上樣 flowcell是用于吸附流動DNA片段的槽道爹殊，測序就在此進(jìn)行。lane上隨機(jī)分布兩種接頭嫁怀，p5‘（與P5...
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snpEff構(gòu)建物種數(shù)據(jù)庫及完成vcf變異文件注釋
1. 如果在沒有jdk12的conda下安裝snpeff设捐，會報(bào)錯(cuò) 解決方法（針對非root用戶） 參考：https://www.jianshu....
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全基因組重測序流程【超細(xì)致！眶掌！】
自己在研究生的第一個(gè)項(xiàng)目就是處理重測序數(shù)據(jù)挡育，在做的過程中參考了很多資料，現(xiàn)在把整個(gè)重測序的上游分析流程分享給大家朴爬，一些關(guān)鍵環(huán)節(jié)已經(jīng)幫大家踩過坑了...
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通過bcftools合并不同種群的vcf文件
通過GATK calling出來的SNP如果使用UnifiedGenotype獲得的SNP文件是分sample的即寒，但是如果使用vcftools或...
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使用aspera下載EBI中的SRA數(shù)據(jù)不需要prefetch（SRA-Toolkits里面的插件），prefetch已經(jīng)不能和aspera聯(lián)用,網(wǎng)上很多教程都已經(jīng)過時(shí)召噩。直接下載Asp...
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RNA-seq數(shù)據(jù)分析一：(HISAT2+featureCounts）
將 gff 文件轉(zhuǎn)成 gtf (featurecounts需要使用gtf文件) 構(gòu)建參考基因組的索引文件 hisat2批量比對 bam文件排序 ...
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用ANNOVAR自建數(shù)據(jù)庫注釋基因組
annovar簡介 在我們做重測序母赵，或者比較基因組學(xué)分析的時(shí)候，我們往往在call snp或者indel的時(shí)候具滴，需要對我們的變異位點(diǎn)進(jìn)行注釋凹嘲，而...
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如何用vcftools從VCF文件中提取某條染色體信息
vcftools --gzvcf input.vcf --chr n --recode – recode-INFO-all --stdout |...
