不需要prefetch（SRA-Toolkits里面的插件）滩字，prefetch已經(jīng)不能和aspera聯(lián)用,網(wǎng)上很多教程都已經(jīng)過(guò)時(shí)。直接下載Aspera就好藻三。當(dāng)年的prefetch -t ascp -a 的組合驰贷，據(jù)說(shuō)是直接把a(bǔ)ccession id給它就可以直接下載了鲸睛。目前要自己找到Link而且還要改格式。
一定優(yōu)先使用EBI進(jìn)行下載关划，根據(jù)NCBI提供的 accession number在EBI中搜索 (文獻(xiàn)中一般都會(huì)給出accession number）https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home
NCBI.png
ENA.png
下載fasp鏈接文件
鏈接.png
(base) vip08@bio1:~/xu_rna_seq$ cat info.txt
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/008/SRR2891298/SRR2891298_1.fastq.gz
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/008/SRR2891298/SRR2891298_2.fastq.gz
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/009/SRR2891299/SRR2891299_1.fastq.gz
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/009/SRR2891299/SRR2891299_2.fastq.gz
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/000/SRR2891300/SRR2891300_1.fastq.gz
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/000/SRR2891300/SRR2891300_2.fastq.gz
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/001/SRR2891301/SRR2891301_1.fastq.gz
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/001/SRR2891301/SRR2891301_2.fastq.gz
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/002/SRR2891302/SRR2891302_1.fastq.gz
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/002/SRR2891302/SRR2891302_2.fastq.gz
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/003/SRR2891303/SRR2891303_1.fastq.gz
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR289/003/SRR2891303/SRR2891303_2.fastq.gz
批量下載
(base) vip08@bio1:~/xu_rna_seq$ cat asperaDownload.sh
#!/bin/bash
for i in `cat info.txt`
do
ascp -vQT -k1 -l 400m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@${i} ./
done
#-v(詳細(xì)模式)
#-Q(用于自適應(yīng)流量控制小染，磁盤限制所需)
#-T(取消加密)
#-k1(斷點(diǎn)重連)
#-l(限速)
#-P (用于SSH身份驗(yàn)證的TCP端口,一般都是P33001)
#-i (密鑰路徑)
