對于fragment counts建牟淮樱可改善單細胞 ATAC-seq 分析(而非read counts/binary counts): http...
下載SRR 點擊Send to钠龙,選擇File威创,F(xiàn)ormat選擇Accession List榕订,點擊Create File,下載自己要下載的SRR號...
下載安裝CellRanger 下載 解壓并安裝 運行測試 下載CellRanger所需的參考基因組 下載完記得使用tar -zxvf解壓 cel...
單細胞ATAC-seq(scATAC-seq)能夠測量單細胞水平的染色質開放信息蛹找,是用于研究基因調控和細胞異質性的重要方法之一姨伤。細胞注釋是scA...
(a):手動建立CellChat受配體數(shù)據(jù)庫。CellChatDB考慮了已知的配體受體復合物的組成庸疾,包括配體和受體的多聚復合物姜挺,以及幾種輔助因子...
CellPhoneDB的配體-受體數(shù)據(jù)庫集成于UniProt、Ensembl彼硫、PDB、IUPHAR等凌箕,共存儲978種蛋白質:其中501種是分泌蛋...
在單細胞測序技術尚未普及之前拧篮,為了研究真實的細胞通訊是怎樣的,出現(xiàn)了很多方法牵舱,諸如同位素標記串绩、免疫熒光、BioID等追蹤信號和顯示信號互作的技術...
之前大多數(shù) single cell 技術都是靜態(tài)的刻畫 cell state(即都是snapshot)芜壁,沒有能夠引入細胞隨時間的變化礁凡,livin...
LR 對于每個基因:利用邏輯回歸,使用這個基因的表達來預測分組(屬于(1) 或 不屬于(0)這個細胞類型)慧妄,如果有隱變量顷牌,就也作為自變量加到回歸...