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GWAS分析（R包GAPIT）之三（計(jì)算運(yùn)行）
計(jì)算的部分相對(duì)比較簡(jiǎn)單割岛，直接選用合適的模型即可桃犬。 library(GAPIT) myY <- read.table("mdp_traits.tx...
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R/qtl 及 R/qtl2 定位分析
鑒于簡(jiǎn)書(shū)經(jīng)常鎖文抡四，重新整理這塊的內(nèi)容放到了知乎上类垦，有興趣的話請(qǐng)移步查看褐缠。 R/qtl 分析流程 - 知乎 (zhihu.com)[https:/...
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R/qtl2：QTL 定位分析目錄： 1.Data Input 2. Calculating Genotype Probabilities 3.Performing a ge...
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R/qtl 定位分析（一）Data input不同于以往的 makers脱货，現(xiàn)在定位通常是基于重測(cè)序數(shù)據(jù)岛都。但是由于測(cè)序數(shù)據(jù)基因組覆蓋率的問(wèn)題律姨，并不是群體內(nèi)所有個(gè)體在每個(gè)標(biāo)記都有位點(diǎn)信息；而且由...
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R/qtl 定位分析（五）Two-QTL scans
在此之前臼疫，僅僅考慮了一維的基因組掃描择份，但是多數(shù)復(fù)雜性狀都是多個(gè)遺傳位點(diǎn)共同作用的結(jié)果，不同位點(diǎn)之間可能存在連鎖或者上位性烫堤。而這一部分開(kāi)始考慮 Q...
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R/qtl 定位分析（四）Non-normal phenotypes
前面介紹了 QTL 分析的一般流程：包括數(shù)據(jù)輸入荣赶，數(shù)據(jù)質(zhì)量檢查，單 QTL 分析鸽斟。對(duì)這個(gè)過(guò)程已經(jīng)比較了解了拔创。 R/qtl 定位分析（一）讀取數(shù)據(jù)...
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R/qtl 定位分析（三）Single-QTL analysis
上一部分介紹了數(shù)據(jù)導(dǎo)入部分，有需要的可以移步： SNPbinner 構(gòu)建定位群體的基因組 bin 圖譜[https://www.jianshu....
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R/qtl 定位分析（二）Data Check
上一部分介紹了數(shù)據(jù)導(dǎo)入部分富蓄，有需要的可以移步： SNPbinner 構(gòu)建定位群體的基因組 bin 圖譜[https://www.jianshu....
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SNPbinner 構(gòu)建定位群體的基因組 bin 圖譜說(shuō)在前面： 早在 2009 年剩燥，韓斌團(tuán)隊(duì)（第一作者是黃學(xué)輝）就在 Genome Res 上發(fā)了一篇文章 High-throughput geno...
