CRISPR-Cas系統(tǒng)對基礎(chǔ)研究和生物技術(shù)發(fā)展都具有重要意義块促。來自法國的研究人員開發(fā)了CRISPRCasdb，一個可以同時在線查詢和識別CRISPR序列和Cas基因的數(shù)據(jù)庫冠胯，為CRISPR–Cas系統(tǒng)多樣性研究提供寶貴數(shù)據(jù)資源和分析工具。
CRISPRCasdb包括了16990個完整的原核生物基因組（來自2973個物種的16650個細(xì)菌和來自300個物種的340個古細(xì)菌）渡蜻。使用CRISPRCasFinder程序?qū)崿F(xiàn)同時識別CRISPR序列和Cas基因并確定系統(tǒng)的類型和亞型褐荷。
如何使用CRISPRCasdb？
CRISPRCasdb為用戶提供核酸序列/宏基因組序列CRISPR&Cas查詢饭入、基于菌株列表/菌株分類的數(shù)據(jù)瀏覽嵌器、BLAST、分析程序/數(shù)據(jù)下載功能谐丢。用戶可以在導(dǎo)航欄或首頁選擇相關(guān)功能按鈕進(jìn)行分析爽航。
核酸序列/宏基因組序列CRISPR&Cas查詢
進(jìn)入CRISPRCasFinder和CRISPRCasMeta頁面，按照平臺要求準(zhǔn)備相關(guān)序列文件乾忱，上傳并設(shè)置相關(guān)條件讥珍，執(zhí)行程序即可，分析完成后結(jié)果將發(fā)送至預(yù)留郵箱窄瘟。
其中CRISPRCasFinder還可以通過菌株信息搜索的方式得到目標(biāo)菌株的CRISPR&Cas詳細(xì)信息衷佃。
基于菌株列表/菌株分類的數(shù)據(jù)瀏覽
用戶可以根據(jù)菌株列表和菌株分類信息瀏覽CRISPRCasdb中的數(shù)據(jù)信息，瀏覽頁面可以使用菌株信息（名稱或分類ID）進(jìn)行搜索蹄葱，得到菌株的CRISPR&Cas詳細(xì)信息氏义。
BLAST
用戶可以使用BLAST功能完成短序列與CRISPRCasdb中重復(fù)序列或間隔區(qū)序列的比對锄列。
下載
用戶可在“Download”頁面下載CRISPRCasdb的分析程序/容器和數(shù)據(jù)。
還有哪些基于web的CRISPR&Cas分析數(shù)據(jù)庫惯悠？
研究團(tuán)隊(duì)還將CRISPRCasdb與其他基于web的CRISPR&Cas分析數(shù)據(jù)庫進(jìn)行了比較邻邮。
CRISPI
https://crispi.genouest.org/
主要致力于CRISPR序列的識別；
CRISPRBank
http://bioanalysis.otago.ac.nz/CRISPRBank/
包括來自2733個菌株的CRISPR序列和Cas基因克婶，可通過查詢重復(fù)序列和間隔區(qū)訪問筒严；
CRISPRminer
http://www.microbiome-bigdata.com/CRISPRminer
提供了一個完整的和初步的原核生物基因組的CRISPR和cas基因數(shù)據(jù)，以及關(guān)于自我靶向情萤、抗CRISPR基因和原型間隔區(qū)性質(zhì)的其他信息萝风。基因組可以通過提供菌株名稱或RefSeq ID或分類來瀏覽紫岩。
CRISPRone
http://omics.informatics.indiana.edu/CRISPRone/
與CRISPRminer一樣，以圖形方式顯示CRISPR序列和cas基因睬塌，并提供文件詳細(xì)說明重復(fù)序列和間隔區(qū)泉蝌。
CRISPRCasdb訪問地址：https://crisprcas.i2bc.paris-saclay.fr/
首發(fā)公號：國家基因庫大數(shù)據(jù)平臺??
參考文獻(xiàn)
Pourcel C, Touchon M, Villeriot N, Vernadet JP, Couvin D, Toffano-Nioche C, Vergnaud G. CRISPRCasdb a successor of CRISPRdb containing CRISPR arrays and cas genes from complete genome sequences, and tools to download and query lists of repeats and spacers. Nucleic Acids Res. 2020 Jan 8;48(D1):D535-D544.
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