近日获讳，廣州醫(yī)科大學(xué)呼吸疾病國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室與深圳華大生命科學(xué)研究院（以下簡(jiǎn)稱(chēng)“華大研究院”）聯(lián)合在國(guó)際著名學(xué)術(shù)雜志Genome Research上發(fā)表了題為“Plasma cell-free RNA characteristics in COVID-19 patients”的研究論文。
研究團(tuán)隊(duì)通過(guò)比較不同癥狀新冠患者和健康對(duì)照血漿游離RNA（cfRNA）的差異活喊，發(fā)現(xiàn)了一系列在重癥新冠患者中差異表達(dá)的基因丐膝，并據(jù)此找到了可能導(dǎo)致細(xì)胞炎癥因子風(fēng)暴的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，為解析新冠重癥發(fā)病機(jī)制提供了新的思路钾菊。
本研究中產(chǎn)生的所有原始和處理過(guò)的測(cè)序數(shù)據(jù)已存儲(chǔ)于國(guó)家基因庫(kù)生命大數(shù)據(jù)平臺(tái)（CNGBdb）帅矗，項(xiàng)目編號(hào)為：CNP0001306?。
*上述數(shù)據(jù)為受控?cái)?shù)據(jù)煞烫，如有下載需求請(qǐng)向國(guó)家基因庫(kù)數(shù)據(jù)受控中心(CDA)申請(qǐng)授權(quán)浑此。
主要研究結(jié)果
血漿中游離RNA來(lái)源于人體不同組織器官的信號(hào)釋放，可以為疾病機(jī)制研究和宿主-病原體互作提供重要參考滞详。本研究使用華大研究院自主開(kāi)發(fā)的PALM-Seq技術(shù)1凛俱，一次實(shí)驗(yàn)即可對(duì)血漿中的多種RNA進(jìn)行全譜檢測(cè)。本課題通過(guò)組間差異分析共鑒定出了7個(gè)可明顯區(qū)分新冠患者與健康對(duì)照的血漿生物標(biāo)志物料饥，通過(guò)新冠患者中上調(diào)的380個(gè)基因的通路富集分析發(fā)現(xiàn)重癥患者的嗜中性粒細(xì)胞活化通路被激活蒲犬，這與臨床新冠患者靜脈血細(xì)胞計(jì)數(shù)中性粒細(xì)胞比率相較基線(xiàn)增高相一致，進(jìn)一步印證了差異基因的可靠性岸啡。
白介素6(IL-6) 是細(xì)胞因子風(fēng)暴相關(guān)的重要指標(biāo)原叮，本研究在新冠患者的外周血TH1/Th2細(xì)胞因子檢查中發(fā)現(xiàn)血漿中的IL-6的蛋白水平異常增加，而在血漿cfRNA表達(dá)譜中顯示凰狞，新冠患者和健康對(duì)照的IL-6轉(zhuǎn)錄組水平無(wú)差異篇裁，意味著IL-6的上調(diào)發(fā)生在翻譯水平沛慢，通過(guò)miRNA-lncRNA-mRNA互作分析發(fā)現(xiàn)該增強(qiáng)可能是通過(guò)下調(diào)miR-451a以及l(fā)et-7家族等靶向IL-6和IL-6R的miRNA實(shí)現(xiàn)的赡若，進(jìn)一步驗(yàn)證了該團(tuán)隊(duì)此前的研究發(fā)現(xiàn)：在新冠患者中miR-451a及相應(yīng)的lncRNA調(diào)控介導(dǎo)IL-6/IL-6R炎癥因子風(fēng)暴2。
在比較新冠患者與健康對(duì)照的差異表達(dá)基因時(shí)發(fā)現(xiàn)团甲，上調(diào)基因中有38%與tRNA相關(guān)逾冬，將tRNA分子轉(zhuǎn)換為相應(yīng)密碼子后整體豐度在輕癥和重癥之間有很高的一致性，且主成分分析（PCA）結(jié)果表明密碼子豐度可區(qū)分新冠患者和健康對(duì)照躺苦。隨后的密碼子偏好性分析發(fā)現(xiàn)上調(diào)密碼子多以A和T結(jié)尾身腻，表明這些上調(diào)的密碼子更可能促進(jìn)新冠病毒mRNA的翻譯，該特征未來(lái)有望成為新型新冠藥物與疫苗的特異性靶點(diǎn)匹厘。
該研究還發(fā)現(xiàn)新冠患者的血漿游離RNA中能檢測(cè)到其它肺炎致病微生物嘀趟，這也提示需重視新冠患者肺部的共感染現(xiàn)象。
綜上所述愈诚，本研究通過(guò)解析新冠輕重癥患者血漿cfRNA特征譜她按，填補(bǔ)了新冠在血漿cfRNA特征譜研究領(lǐng)域的空白牛隅，揭示了重癥新冠可能的發(fā)病機(jī)制。廣州醫(yī)科大學(xué)呼吸疾病國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室趙金存教授酌泰、肇靜嫻教授媒佣、華大研究院李俊樺研究員和金鑫研究員為論文共同通訊作者。呼吸疾病國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室王延群博士為論文第一作者陵刹，華大研究院李潔默伍、孫海汐、徐金金衰琐、林煜也糊，呼吸疾病國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室的張昭勇、徐永浩碘耳、朱愛(ài)如显设，廣州海關(guān)技術(shù)中心張璐等為論文的共同第一作者。
參考文獻(xiàn)：
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獲取原文：https://genome.cshlp.org/content/early/2022/01/21/gr.276175.121.abstract
信息及圖片來(lái)源：“華大BGI”公眾號(hào)
