單細(xì)胞入門【1】：單細(xì)胞測序方法該如何選擇醇蝴？

單細(xì)胞入門【2】：scRNA-seq測序數(shù)據(jù)的計(jì)算分析指南

03單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫合集

如何快速找到單細(xì)胞數(shù)據(jù)拴竹？有沒有可以在線分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)的工具？...其實(shí)监署，這些需求單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫都可以實(shí)現(xiàn)爱谁。這篇大集合匯總了之前小編親測的10個單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫绕娘，可以幫助您進(jìn)行細(xì)胞注釋和分析青扔，也可以用作研究前期的數(shù)據(jù)探索锯七。

CDCP

單細(xì)胞組學(xué)平臺（CDCP）是國家基因庫生命大數(shù)據(jù)平臺（CNGBdb）去年上線的一個數(shù)據(jù)庫链快，非常適合0代碼基礎(chǔ)小白入門單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析。

平臺數(shù)據(jù)/功能：CDCP集成了CNGBdb平臺的單細(xì)胞數(shù)據(jù)資源（包括6302個樣本和321782個細(xì)胞）眉尸，為用戶提供單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析域蜗、可視化、下載和遞交功能噪猾。

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數(shù)據(jù)庫地址：https://db.cngb.org/cdcp/

Human Cell Landscape

2020年3月25日霉祸，由浙江大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院郭國驥團(tuán)隊(duì)與浙江大學(xué)附屬醫(yī)院張丹團(tuán)隊(duì)、王偉林團(tuán)隊(duì)袱蜡、陳江華團(tuán)隊(duì)丝蹭、梁廷波團(tuán)隊(duì)和黃河團(tuán)隊(duì)等緊密合作完成的人類細(xì)胞圖譜相關(guān)研究成果于《Nature》在線發(fā)表。研究團(tuán)隊(duì)利用人類細(xì)胞圖譜相關(guān)分析數(shù)據(jù)資源搭建了人類細(xì)胞藍(lán)圖（Human Cell Landscape坪蚁，HCL）數(shù)據(jù)庫：http://bis.zju.edu.cn/HCL/奔穿，并在國家基因庫生命大數(shù)據(jù)平臺（CNGBdb）設(shè)立鏡像站镜沽。

平臺數(shù)據(jù)/功能：HCL數(shù)據(jù)庫包含來源于702,968個單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)鑒定的人體102種細(xì)胞大類和843種細(xì)胞亞類的可視化數(shù)據(jù)資源，同時scHCL單細(xì)胞比對系統(tǒng)可用于人體細(xì)胞類型的鑒定贱田。

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數(shù)據(jù)庫地址：https://db.cngb.org/HCL/

SpatialDB

2019年11月淘邻，來自中國科學(xué)院生物物理研究所高通量測序中心的研究人員發(fā)布第一個單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫及數(shù)據(jù)在線可視化平臺：SpatialDB，為研究組織的空間細(xì)胞結(jié)構(gòu)提供了一個資源庫湘换，并可能為理解疾病中的細(xì)胞微環(huán)境帶來新的見解宾舅。

平臺數(shù)據(jù)/功能：SpatialDB系統(tǒng)收錄了來自5個物種由8種空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)，建立了空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析處理流程彩倚，實(shí)現(xiàn)了空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的在線可視化筹我，同時提供了空間差異表達(dá)基因及其功能富集分析的注釋。

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數(shù)據(jù)庫地址：https://www.spatialomics.org/SpatialDB

CancerSEA

CancerSEA是由哈爾濱醫(yī)科大學(xué)的研究人員開發(fā)的一個用于破譯癌癥單細(xì)胞功能狀態(tài)的數(shù)據(jù)庫帆离。其提供了一個癌癥單細(xì)胞功能狀態(tài)的圖譜蔬蕊，并在單細(xì)胞水平上將這些功能狀態(tài)與蛋白編碼基因(PCGs)和lncRNA聯(lián)系起來，以促進(jìn)對癌細(xì)胞功能差異的機(jī)制性理解哥谷。

平臺數(shù)據(jù)/功能：CancerSEA包含25種癌癥的41900個腫瘤細(xì)胞岸夯，14種癌癥相關(guān)功能狀態(tài)，提供了一個癌癥單細(xì)胞狀態(tài)圖譜们妥，允許用戶查詢基因(包括PCGs和lncrna)與14種功能狀態(tài)之間的關(guān)系猜扮。Easy-to-use接口提供搜索、瀏覽监婶、可視化和下載數(shù)據(jù)功能旅赢。

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數(shù)據(jù)庫地址：http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/

PanglaoDB

PanglaoDB是由瑞典和美國的研究人員開發(fā)的一個用于探索小鼠和人類scRNA-seq數(shù)據(jù)的網(wǎng)站，為單細(xì)胞組學(xué)研究提供最新的公共scRNA-seq數(shù)據(jù)資源惑惶。

平臺數(shù)據(jù)/功能：PanglaoDB包含了超過1054個單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)的預(yù)處理和預(yù)計(jì)算分析煮盼，涵蓋了大多數(shù)主要的單細(xì)胞平臺和分析流程，基于來自各種組織和器官的超過400萬個細(xì)胞带污。在線界面允許用戶查詢和探索細(xì)胞類型僵控、遺傳途徑和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。

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數(shù)據(jù)庫地址：https://panglaodb.se/

scRNASeqDB

scRNASeqDB是由美國的研究人員開發(fā)的第一個人類單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫鱼冀。

平臺數(shù)據(jù)/功能：scRNASeqDB包含了目前幾乎所有可用的人類單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集（n=38）报破，覆蓋200個人類細(xì)胞系或細(xì)胞類型和13440個樣本。用戶可根據(jù)基因或細(xì)胞類型搜索基因表達(dá)的信息雷绢，同時scRNASeqDB還提供可查詢和可視化工具泛烙，包括基因、細(xì)胞類型或群體間差異表達(dá)基因的注釋信息翘紊，另外用戶還可以通過Dataset View功能瀏覽數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)信息蔽氨。

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數(shù)據(jù)庫地址：https://bioinfo.uth.edu/scrnaseqdb/

SCPortalen

SCPortalen是由日本的研究人員開發(fā)的以人類和小鼠為中心的單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫。

平臺數(shù)據(jù)/功能：SCPortalen涵蓋了人類和小鼠單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)全面的元數(shù)據(jù)和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)以及細(xì)胞圖像信息。通過SCPortalen的web界面鹉究，用戶可以輕松地搜索宇立、瀏覽和下載感興趣的單細(xì)胞數(shù)據(jù)集。

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數(shù)據(jù)庫地址：http://single-cell.clst.riken.jp/

SC2disease

來自西北工業(yè)大學(xué)自赔、西安交通大學(xué)妈嘹、哈爾濱工業(yè)大學(xué)、復(fù)旦大學(xué)和天津大學(xué)的研究團(tuán)隊(duì)共同開發(fā)了一個人工整理的人類疾病單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫：SC2disease绍妨，旨在為不同疾病的不同細(xì)胞類型的基因表達(dá)譜提供全面準(zhǔn)確的資源润脸。

平臺數(shù)據(jù)/功能：SC2disease記錄了946481個條目，對應(yīng)341種細(xì)胞類型他去、29種組織和25種疾病毙驯。數(shù)據(jù)庫中的每個條目都包含了不同細(xì)胞類型、組織和疾病相關(guān)健康狀況之間差異表達(dá)基因的比較灾测。用戶可以通過SC2disease瀏覽感興趣的基因的表達(dá)爆价、搜索細(xì)胞型標(biāo)志物、搜索多種疾病的生物標(biāo)志物和比較疾病和非疾病狀態(tài)下各類細(xì)胞的表達(dá)譜媳搪。

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數(shù)據(jù)庫地址：http://easybioai.com/sc2disease/

ColorCells

來自中山大學(xué)的研究團(tuán)隊(duì)開發(fā)了ColorCells：一個用于比較分析單細(xì)胞RNA-Seq數(shù)據(jù)中l(wèi)ncRNAs表達(dá)铭段、分類和功能的數(shù)據(jù)庫。研究人員還將ColorCells應(yīng)用于6個物種的167913個公開的scRNA-Seq數(shù)據(jù)集秦爆，發(fā)現(xiàn)了一批細(xì)胞特異性lncRNAs序愚。

平臺數(shù)據(jù)/功能：ColorCells是lncRNA表達(dá)分類和功能預(yù)測的綜合資源。ColorCells提供了一系列新穎的工具和友好的可視化界面鲜结，包括：1）應(yīng)用PCA和t-SNE算法在2D和3D顯示細(xì)胞簇展运；2）開發(fā)了一個tissue map工具來顯示人類和小鼠的各種組織和細(xì)胞類型；3）建立了超幾何分布的統(tǒng)計(jì)測試方法來自動分配細(xì)胞對細(xì)胞簇進(jìn)行類型標(biāo)記精刷；4）基于SNN和pearson相關(guān)分析估計(jì)細(xì)胞間的相似性；5）構(gòu)建共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)預(yù)測lncRNAs功能蔗候。

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數(shù)據(jù)庫地址：http://rna.sysu.edu.cn/colorcells/index.php

GRNdb

來自華東師范大學(xué)聯(lián)合多家機(jī)構(gòu)的科研團(tuán)隊(duì)開發(fā)了GRNdb怒允，一個免費(fèi)的人類和小鼠數(shù)據(jù)庫，旨在方便搜索和分析轉(zhuǎn)錄因子(TFs)和下游靶基因(稱為調(diào)控子)在各種組織/條件下形成的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)锈遥。

平臺數(shù)據(jù)/功能：基于已知的TF-target關(guān)系和從公共數(shù)據(jù)庫收集的大規(guī)模單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)纫事，以及TCGA和GTEx數(shù)據(jù)，研究人員系統(tǒng)地預(yù)測了184種不同生理和病理?xiàng)l件下的人和小鼠的GRNs所灸，涉及超過633000個細(xì)胞和超過27700個樣本丽惶。GRNdb可搜索、比較爬立、瀏覽钾唬、可視化和下載77746個GRN、19687841個TF-target以及相關(guān)結(jié)合基序的預(yù)測信息。

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數(shù)據(jù)庫地址：http://www.grndb.com/

首發(fā)公號：國家基因庫大數(shù)據(jù)平臺??

參考文獻(xiàn)

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