作者，Evil Genius
分享一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，CROST, CROST應(yīng)用標(biāo)準(zhǔn)化處理流程整合了182個(gè)高質(zhì)量的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集，涵蓋8個(gè)不同物種、35種組織類型和56種疾病的1033個(gè)子數(shù)據(jù)集售躁。針對(duì)單個(gè)樣本提供了全面的生物信息分析坞淮，包括空間變異基因（SVG）分析、細(xì)胞類型注釋陪捷、空間相關(guān)性回窘、空間共定位、通訊分析和功能注釋等市袖。CROST通過(guò)集成空間轉(zhuǎn)錄組啡直、經(jīng)典轉(zhuǎn)錄組、表觀基因組和基因組的數(shù)據(jù)全面闡明了腫瘤相關(guān)SVG苍碟，是用戶（尤其是臨床醫(yī)生）快速評(píng)估特定癌癥類型中基因表達(dá)水平酒觅、甲基化水平、拷貝數(shù)變異以及預(yù)后的寶貴工具微峰。此外舷丹，數(shù)據(jù)庫(kù)提供了一個(gè)用于可視化、空間通訊蜓肆、空間共定位和細(xì)胞類型相關(guān)性的交互式環(huán)境颜凯。CROST還開(kāi)發(fā)了一個(gè)專為空間轉(zhuǎn)錄組分析而設(shè)計(jì)的一站式分析平臺(tái)，旨在幫助用戶即使不具備任何編程技能也可進(jìn)行空間轉(zhuǎn)錄組分析仗扬。
文章在CROST: a comprehensive repository of spatial transcriptomics（Nucleic Acids Research,16.971）症概，網(wǎng)頁(yè)鏈接在https://ngdc.cncb.ac.cn/crost/。
該數(shù)據(jù)庫(kù)包含了4個(gè)模塊早芭，即
1彼城、Browse module
即數(shù)據(jù)的查詢
2、Cancer SVG module
Cancer SVG模塊顯示了主要富集于腎癌(8323個(gè)基因)逼友、肝癌(6380個(gè)基因)和黑色素瘤(5964個(gè)基因)的48043個(gè)SVG的來(lái)源和特征精肃。包括基本信息、基因原位表達(dá)帜乞、基因表達(dá)、DNA甲基化筐眷、拷貝數(shù)變異黎烈、生存分析和相關(guān)文獻(xiàn)信息。同時(shí)計(jì)算每個(gè)SVG在癌型之間匀谣、正常組織與腫瘤組織之間的定量比較照棋，以及與預(yù)后的關(guān)系，并從基因表達(dá)水平武翎、DNA甲基化水平和基因組CNV水平進(jìn)行說(shuō)明烈炭。
3、Explore module
該模塊為可視化宝恶、細(xì)胞通訊符隙、細(xì)胞類型共定位和細(xì)胞類型關(guān)聯(lián)提供了一個(gè)交互式環(huán)境趴捅。
4、Online analysis module
包括ssGSEA霹疫、SpatialAP拱绑。
目前分享的數(shù)據(jù)庫(kù)包括SpatialData，文章在整合多模態(tài)空間組學(xué)數(shù)據(jù)開(kāi)源框架--SpatialData丽蝎，網(wǎng)址在https://spatialdata.scverse.org
還有SpatialTME,文章在空間數(shù)據(jù)庫(kù)SpatialTME與空間主要分析猎拨，網(wǎng)址在http://www.spatialtme.yelab.site/
還有其他的數(shù)據(jù)庫(kù)，包括
- STOmicsDB,華大數(shù)據(jù)庫(kù)屠阻， 網(wǎng)址在https://db.cngb.org/stomics/红省，包括17個(gè)物種的218個(gè)人工處理的數(shù)據(jù)集。
- SpatialDB国觉，網(wǎng)址在http://spatialomics.org/SpatialDB/index.php,文章在SpatialDB: a database for spatially resolved transcriptomes（Nucleic Acids Research, IF 19.16）类腮。
- SPASCER數(shù)據(jù)庫(kù)，SPASCER數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)新的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)蛉加，包含43個(gè)研究的1082個(gè)數(shù)據(jù)集蚜枢，旨在幫助理解組織異質(zhì)性，組織微環(huán)境以及跨組織結(jié)構(gòu)的細(xì)胞間相互作用针饥，網(wǎng)址在https://ccsm.uth.edu/SPASCER厂抽，文章在SPASCER: spatial transcriptomics annotation at single-cell resolution（Nucleic Acids Research, IF 19.16）
- Spatial Omics DataBase (SODB), 文章在Publisher Correction: SODB facilitates comprehensive exploration of spatial omics data, SODB facilitates comprehensive exploration of spatial omics data（均為nature methods，IF 48）
