在進(jìn)行單QTL和雙QTL基因組掃描后泌射，最好將確定的位點(diǎn)合并成一個(gè)聯(lián)合模型国裳，然后進(jìn)一步探討QTL的可能性。
在此工作中盗温，我們使用由makeqtl()創(chuàng)建的QTL對(duì)象藕赞，利用fitqtl()擬合多qtl模型。
流程如下：
- 1.首先進(jìn)行單qtl基因組掃描卖局，選擇LOD評(píng)分最高的位置斧蜕；
- 2.固定QTL模型：
a.加性QTL掃描；
b.對(duì)于當(dāng)前模型中的每個(gè)QTL砚偶，掃描另一個(gè)相互作用的QTL批销；
c.如果當(dāng)前模型中有2個(gè)QTL，考慮添加其中一個(gè)可能的成對(duì)交互作用蟹演；
d.進(jìn)行二維雙QTL掃描风钻，添加一對(duì)新的QTL顷蟀，加性或相互作用酒请；
e.在當(dāng)前步驟中考慮的模型比較標(biāo)準(zhǔn)中，選出具有最大值的模型鸣个。 - 優(yōu)化當(dāng)前模型中QTL的位置羞反；
- 重復(fù)步驟2和步驟3布朦，得到具有預(yù)定數(shù)量位點(diǎn)的模型；
- 最后昼窗，在所有模型中是趴，選擇模型比較標(biāo)準(zhǔn)最大的模型。
0.準(zhǔn)備工作
> library(qtl)
> data <- read.cross("csv", ".", "gen_phe.csv")
> jit<-jittermap(data)
> calc <- calc.genoprob(jit, step=2)
1.創(chuàng)建QTL對(duì)象
將但QTL掃描和二維雙QTL掃描得到的QTL整理成一個(gè)聯(lián)合模型澄惊；
根據(jù)單QTL掃描的結(jié)果唆途，共有2個(gè)QTL，二維雙QTL掃描得到chr11和chr13之間存在互作：
> chr <- c(6, 8, 11,13)
> pos <- c(86.77,40.52,96, 54)
2.模型擬合
> qtl <- makeqtl(calc, chr, pos)
Error in makeqtl(calc, chr, pos) : You must first run sim.geno.
報(bào)錯(cuò)：You must first run sim.geno.
該函數(shù)取一個(gè)交叉對(duì)象和指定的染色體數(shù)目和位置掸驱，并在最近的偽標(biāo)記處提取基因型概率或估算基因型
> sim <- sim.geno(calc, step=2, err=0.001)
重新擬合肛搬，允許Q3和Q4之間存在互作：
> qtl <- makeqtl(sim, chr, pos)
> my.formula <- y ~ Q1 + Q2 + Q3 + Q4 + Q3:Q4
> out.fitqtl <- fitqtl(sim, qtl=qtl, formula=my.formula)
總結(jié)
> summary(out.fitqtl)
%var一列就是QTL的表型解釋率了。
引用轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出處毕贼，如有錯(cuò)誤敬請(qǐng)指出温赔。
