寫(xiě)在前面
知道我的朋友，相信都有了解消痛，元旦假期某晚凌晨且叁，我突發(fā)起來(lái)，折騰了一個(gè)困擾我很久很久的問(wèn)題秩伞，并解決了他逞带。
2015年，TBtools 開(kāi)發(fā)之前纱新，我寫(xiě)過(guò)一個(gè) Blast3GO掰担，主要用于 GO 注釋?zhuān)患治鲆约翱梢暬last3GO 實(shí)現(xiàn)的這些功能怒炸，基本都是調(diào)用環(huán)境中的 R带饱，于是存在四大問(wèn)題：
- 依賴(lài)用戶(hù)環(huán)境中的 R語(yǔ)言，換句話(huà)說(shuō)阅羹，要求用戶(hù)自己安裝 R
- 存在破壞用戶(hù)原有 R 語(yǔ)言環(huán)境的可能
- 無(wú)法實(shí)現(xiàn)絕對(duì)的版本控制勺疼，以至于無(wú)法保證用戶(hù)體驗(yàn)
- 確實(shí)不穩(wěn)定....
這些經(jīng)歷，使得我在開(kāi)發(fā) TBtools 之后捏鱼，追求絕對(duì)純粹的 Java 實(shí)現(xiàn)执庐。于是 TBtools 得以獲得某種程度的 便攜，簡(jiǎn)單导梆，簡(jiǎn)潔轨淌，高效。為了解決可視化問(wèn)題看尼，我自己從零實(shí)現(xiàn)了一個(gè)繪圖引擎递鹉，也就是大伙知道的 JIGplot，并一直堅(jiān)持優(yōu)化藏斩。所以躏结，我一直不想去打包任何可以不打包的軟件，更希望自己實(shí)現(xiàn)狰域。
然而媳拴，幾年過(guò)去了黄橘，我越來(lái)發(fā)現(xiàn)，每個(gè)人的時(shí)間屈溉，精力是絕對(duì)有限的塞关。我可以自己寫(xiě)很多功能，卻無(wú)法做到絕對(duì)的全面子巾，比如轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析中的差異表達(dá)分析描孟。我們幾乎可以下個(gè)結(jié)論，幾乎全部差異表達(dá)分析軟件砰左，都是 R 包（盡管大伙還是知道有 gfold 的）匿醒。于是，我只有兩個(gè)選擇：
- 自己寫(xiě)缠导，這個(gè)不可能廉羔，也沒(méi)有意義，畢竟這個(gè)輪子造起來(lái)也不一定能得到認(rèn)可僻造，他不比可視化
- 打包 R憋他，windows下很簡(jiǎn)單，但是 macOS 呢髓削？TBtools 至少有 10% 的用戶(hù)是 MacOS 用戶(hù)
我希望的是 TBtools 繼續(xù)保持他的跨平臺(tái)竹挡，所以所有功能都是至少支持 windows + MacOS×⑻牛可以說(shuō)揪罕，元旦假期，我所有抽得出來(lái)的時(shí)間宝泵，加上我在過(guò)去一兩年好啰，嘗試失敗，再?lài)L試再失敗儿奶，還嘗試還失敗框往，繼續(xù)嘗試，繼續(xù)失敗的數(shù)次闯捎，得到的就是一個(gè)簡(jiǎn)單的東西椰弊。TBtools 的新插件“Rserver”。
插曲 - 更新 TBtools 版本
11月底瓤鼻，去版納植物園做了一場(chǎng) TBtools 培訓(xùn)秉版，培訓(xùn)期間發(fā)現(xiàn)，TBtools 的插件安裝存在兩個(gè)優(yōu)化的點(diǎn)：
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MacOS 的插件選擇界面娱仔，拖拽面板還是遮擋了文件選擇面板沐飘，這塊之前在邵揚(yáng)的提醒和幫助下游桩，原本是修復(fù)的牲迫，只是....代碼忘記啟動(dòng)耐朴。改動(dòng)前
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TBtools 插件分為兩類(lèi)：小插件，無(wú)依賴(lài)盹憎，僅
.jar文件筛峭。對(duì)于小插件，除非用戶(hù)確實(shí)沒(méi)事做陪每，回去解壓出來(lái)（盡管也沒(méi)啥用）影晓，否則都是順利安裝；大插件檩禾，有依賴(lài)挂签，于是我一般打包成.zip文件，然而還是存在不少人習(xí)慣性解壓縮盼产，最后導(dǎo)致插件沒(méi)有完整安裝饵婆。這不是好事。但可以理解戏售，畢竟侨核，任何人看到壓縮包（尤其是圖標(biāo)對(duì)應(yīng)上了）的第一反應(yīng)是解壓縮。改動(dòng)前灌灾，
針對(duì)這兩點(diǎn)搓译，我做了優(yōu)化。首先是 MacOS 的插件安裝面板代碼生效锋喜；
其次是進(jìn)一步支持了難以被自動(dòng)識(shí)別的文件后綴.plugin....這樣我相信就不會(huì)被解壓縮了...
Rserver 插件的安裝
目前這個(gè)插件已經(jīng)釋放到所有 TBtools 使用交流群（1-7些己，Emmm，數(shù)了一下嘿般，又回復(fù)到之前的狀態(tài)轴总，不過(guò)現(xiàn)在大伙都實(shí)名了，我相信應(yīng)該好得多）博个。直接在群共享下載最新版本的 TBtools_JRE1.6.jar怀樟，這個(gè) jar。更新到 TBtools v1.074盆佣。當(dāng)然往堡，如果你不更新，那就記得下載 Rserver.zip共耍，反正主程序跟插件耦合程度極低虑灰。
OK，拿到這個(gè)插件痹兜。就可以安裝穆咐。首先打開(kāi) TBtools
找到插件安裝位置，點(diǎn)擊
Install Plugin
拖拽放置，或直接文本選擇摁鈕選擇之后对湃，點(diǎn)擊打開(kāi)崖叫，稍等一會(huì)即可（插件較大，大概180+Mb拍柒，Windows 和 MacOS 用戶(hù)通用一個(gè)插件Ｐ目）。
插件的使用
Rserver 插件拆讯，我原本想做的只是一個(gè)差異表達(dá)分析插件脂男，但從插件的體積來(lái)看，這樣并不合適种呐。畢竟以后任何人愿意貢獻(xiàn)出 R語(yǔ)言 腳本的宰翅，都可以制備成 TBtools 插件并分發(fā)。于是爽室，我調(diào)整計(jì)劃堕油，直接將 Rserver 插件作為一個(gè)將會(huì)被其他所有 R腳本 插件所依賴(lài)的插件來(lái)開(kāi)發(fā)。完美肮之。這樣我只需要細(xì)調(diào)測(cè)試插件即可（注意到掉缺，盡管我們有1w+人的社群，但我只召集到不超過(guò)20個(gè) MacOS 用戶(hù)幫忙測(cè)試戈擒；windows不用）眶明。
使用插件非常簡(jiǎn)單，首先是打開(kāi)插件
設(shè)置一個(gè)輸出目錄筐高，其他均不設(shè)置搜囱，這樣會(huì)啟動(dòng) Rserver 插件的測(cè)試腳本。
如此柑土，點(diǎn)擊
Start之后蜀肘，輸出目錄會(huì)生成一個(gè)Rplot.pdf文件。稍微知道 R 使用的人就會(huì)清楚稽屏。只要沒(méi)設(shè)置繪圖文件路徑扮宠，同時(shí)又在命令行運(yùn)行，那么 R 會(huì)直接保存一個(gè)文件到 Rplot.pdf狐榔。打開(kāi)這個(gè)文件坛增，即可看到
當(dāng)然，加入你填入了一段 R 腳本薄腻，比如
https://www.rdocumentation.org/packages/stats/versions/3.6.2/topics/p.adjust
網(wǎng)頁(yè)上的這段代碼（邵揚(yáng)提到的）...
輸出結(jié)果如下
當(dāng)然收捣，你可以檢測(cè)和安裝一個(gè)R包（比如大家都愛(ài)的
ggplot2）
于是你會(huì)得到
關(guān)于拓展
我們完全可以預(yù)見(jiàn)這個(gè)插件將會(huì)帶來(lái)的功能絕對(duì)拓展：
- 只要一個(gè) TBtools 用戶(hù)能跑的 R碼，換另一個(gè) TBtools 用戶(hù)庵楷，一樣能跑罢艾，因?yàn)槠脚_(tái)完全固定
- 對(duì)于 R腳本來(lái)說(shuō)楣颠，絕大多數(shù)用戶(hù)進(jìn)行修改的，往往只是輸入輸出文件咐蚯，這點(diǎn)完全可以通過(guò) TBtools 快速打一個(gè) GUI 界面（）
- Rserver 插件也直接支持用戶(hù)原始的 R腳本代碼童漩，換句話(huà)說(shuō)，可以寫(xiě) R包依賴(lài)檢測(cè)與安裝仓蛆，可以直接在代碼中設(shè)置輸入輸出文件或目錄.... 甚至可以.....
寫(xiě)在后面
昨晚我陪吳老師看了一場(chǎng)電影睁冬。這是兩年來(lái)我們第一次能抽出時(shí)間看的一場(chǎng)完整的電影（盡管票價(jià)不低挎春，35一張）看疙。卡通電影還不錯(cuò)直奋，最近似乎有點(diǎn)火的能庆，《心靈奇旅》。從我的角度來(lái)看脚线，這部電影傳達(dá)一個(gè)理念或許就是：享受生活搁胆，活在當(dāng)下。
當(dāng)然邮绿，這并不太準(zhǔn)確渠旁。我們討論了一會(huì)，多少讓我想起了我似乎從小學(xué)就開(kāi)始在思考的問(wèn)題船逮。即顾腊，
活著，為了什么挖胃？當(dāng)然史鐵生在《我與地壇》給出了一個(gè)不錯(cuò)的答案死是一件不必急于求成的事杂靶。
這段時(shí)間一直在路上，或許人生就是在路上酱鸭。
《心靈奇旅》一條主線(xiàn)吗垮，演繹了兩類(lèi)人：
- 人生中只有目標(biāo)
- 人生中毫無(wú)目標(biāo)
當(dāng)然，什么才是人生目標(biāo)凹髓？就不劇透了烁登，大伙感興趣的可以看看。
回到主題蔚舀。
關(guān)于 TBtools 的開(kāi)發(fā)防泵，盡管我一直有源源不斷的新的開(kāi)發(fā)想法，但如果說(shuō)我馬上進(jìn)入工作蝗敢，無(wú)法在其上投入過(guò)多捷泞。那么我會(huì)留下的只有兩個(gè)遺憾：
- 我希望能提供一個(gè)可能，TBtools 用戶(hù)能夠在相互分享 TBtools 相關(guān)的內(nèi)容寿谴，以前我想過(guò)是卡通熱圖锁右，后來(lái)...總之一直想一直失敗，但現(xiàn)在，我想 Rserver 插件馬上會(huì)提供這個(gè)可能咏瑟。
- 我寫(xiě)過(guò) EasyGUI 或 AutoGUI拂到，這兩個(gè)實(shí)現(xiàn)和想法，我一直沒(méi)有放下码泞，然而他們似乎并無(wú)用武之地 兄旬。但現(xiàn)在不會(huì)了，我相信很快余寥，這些想法也會(huì)用上领铐。
有時(shí)候，或許從技術(shù)層面來(lái)說(shuō)宋舷，你學(xué)過(guò)的想過(guò)的每一個(gè)點(diǎn)绪撵，都可能不會(huì)是白費(fèi)功夫。
