一顿苇、寫在前面
今天是加入生信星球零基礎(chǔ)學(xué)生信之旅的第三天了舱馅，昨天已經(jīng)熟悉了Linux操作系統(tǒng)的十幾個常用命令代碼笑陈，今天的學(xué)習(xí)任務(wù)是進(jìn)一步學(xué)習(xí)如何在Linux系統(tǒng)安裝生物信息學(xué)分析的軟件役纹，本次課的內(nèi)容依舊干貨滿滿蟀瞧，誠意滿滿的！特別感謝生信星球的花花姐的指導(dǎo)届氢！
二欠窒、思維導(dǎo)圖
零基礎(chǔ)學(xué)生信Day3.png
三、實操練習(xí)過程記錄
1退子、miniconda的下載
1.1 查看服務(wù)器的配置：uname -a
由查詢結(jié)果我們可知岖妄，我們的服務(wù)器為64位操作系統(tǒng)，即64-bit (x86_64)寂祥。
umane-a.png
1.2 使用必應(yīng)搜索 “miniconda 清華”并復(fù)制網(wǎng)址
miniconada.png
網(wǎng)址.png
1.3 使用命令進(jìn)行下載：wget
cd biosoft
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
wget.png
2荐虐、miniconda的安裝
2.1 使用安裝命令 ：bash
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash.png
2.2 miniconda的激活：source ~/.bashrc
source ~/.bashrc
conda
source-bashrc.GIT.png
2.3 使用中科大的鏡像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
3、conda的使用
3.1 服務(wù)器的軟件查看：conda list
conda list
lis.png
3.2 安裝fastqc軟件
conda install fastqc -y
qc.png
3.3 查看fastqc幫助文檔 ：fastqc --help
fastqc --help
help.png
3.4 fastqc 的卸載
conda list
conda remove fastqc -y
conda list
前后兩次對比壤靶，我們發(fā)現(xiàn)缚俏，fastqc軟件確實被卸載了惊搏！
fa.png
li.png
4贮乳、進(jìn)階：conda 環(huán)境 “conda environment”
4.1 查看當(dāng)前虛擬環(huán)境：conda info --envs
conda info --envs
info.png
4.2 創(chuàng)建一個新的虛擬環(huán)境：conda create -n name
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
conda info --envs
這個代碼的意思是：建立一個名叫rnaseq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3恬惯，安裝軟件fastqc向拆、trimmomatic。
3.png
4.png
4.3 切換不同的虛擬環(huán)境：conda activate name
conda activate rna-seq
5.png
4.4 退出虛擬環(huán)境：conda deactivate
conda deactivate
6.png
四酪耳、結(jié)語
經(jīng)過今天的學(xué)習(xí)浓恳，初步掌握了如何在Linux操作系統(tǒng)中安裝生物信息學(xué)分析所用的軟件以及工具，我深知這些都是最基礎(chǔ)但也是最核心的東西碗暗，是讓我們戰(zhàn)勝恐懼的第一步颈将，更多的Linux系統(tǒng)知識還得自己去深入探究。至少言疗，我現(xiàn)在已經(jīng)出發(fā)了晴圾！感謝生信星球所給予的學(xué)習(xí)機(jī)會！最后噪奄，今天的小確幸死姚，花花姐小小地表揚(yáng)了我所寫的學(xué)習(xí)筆記。哈哈哈哈勤篮，開心都毒。
