各種常用數(shù)據(jù)庫合集

KEGG and GO

  1. DAVID + 微生信繪圖

  2. Metascape

  3. Kobas

  4. reactome

  5. Enrichr

蛋白網(wǎng)站

  1. UniProt (強大的蛋白結(jié)構(gòu)和功能注釋網(wǎng)站)

  2. HPA(可查看蛋白表達以及亞細胞定位)

  3. String (PPI)

  4. BioGRID(相互作用蛋白的PPI網(wǎng)絡(luò)圖)

  5. TCPA與TCGA相對應(yīng)可免,用于訪問可視化腫瘤蛋白組學(xué)網(wǎng)站

  6. PDB蛋白結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫

  7. SWISSMODEL蛋白3D結(jié)構(gòu)預(yù)測

  8. Pfam蛋白結(jié)構(gòu)及功能預(yù)測

基因及蛋白分析網(wǎng)站

  1. GEPIA可進行基因表達劫恒、共表達裕偿、預(yù)后等分析

  2. TIMER可進行基因表達汪疮、共表達叮喳、預(yù)后购啄、免疫等分析

  3. Cbioportal數(shù)據(jù)庫之神可進行突變睁宰、突變結(jié)構(gòu)肪获、共表達富集等分析 網(wǎng)站使用說明

  4. Linkedomics可分析基因在不同腫瘤的表達以及相關(guān)基因的表達

  5. BioGRID可以查詢基因、蛋白柒傻、藥物孝赫、PPI、關(guān)聯(lián)基因诅愚、GO等可以關(guān)聯(lián)到好多其他網(wǎng)站寒锚,功能強大!

  6. UALCAN相關(guān)基因以及預(yù)后

  7. Depmap腫瘤細胞系违孝、基因刹前、藥物

  8. TISIDB查詢基因、基因富集(GO KEGG)雌桑、免疫等信息

  9. TCPA與TCGA相對應(yīng)喇喉,用于訪問可視化腫瘤蛋白組學(xué)網(wǎng)站,關(guān)聯(lián)基因,生存分析

  10. CTD藥物基因疾病相互作用分析

  11. chilibot可繪制基因表型互作圖

查詢基因信息

  1. genecards查詢基因詳細信息 - 非常強大校坑,會直接連接到HGNC/HUGO,NCBI,ensembl,OMIM,UniProt 網(wǎng)站

  2. Genome Browser Gateway還可查詢基因啟動子序列

  3. DISEASE查詢基因與疾病

  4. BioGPS查詢基因詳細信息以及基因在細胞和組織中的表達量

  5. EMBL-EBI可查詢基因蛋白化合物信息

  6. ensembl基因瀏覽器+gene ID轉(zhuǎn)換

  7. TISIDB查詢基因拣技、基因富集(GO KEGG)、免疫等信息

  8. Depmap其中集合了CCLE網(wǎng)站信息耍目,可分析腫瘤細胞系膏斤、基因、藥物

  9. HGNC/HUGO可查詢基因信息

  10. COSMIC可查詢基因突變信息

  11. OMIM包括文本信息和相關(guān)參考信息邪驮、序列紀錄莫辨、圖譜和相關(guān)其他數(shù)據(jù)庫。

細胞系信息網(wǎng)站

  1. GDSC藥物突變以及表達與細胞系敏感性分析網(wǎng)站

  2. Depmap其中集合了CCLE網(wǎng)站信息毅访,可分析腫瘤細胞系沮榜、基因、藥物

  3. BioGPS可直接檢索基因信息以及基因在細胞系的表達情況

分析關(guān)聯(lián)基因:

  1. GEPIA

  2. Cbioportal

  3. Linkedomics

  4. BioGRID

  5. TIMER

  6. UALCAN

  7. UCSC網(wǎng)站有相關(guān)的操作演示

  8. TCPA與TCGA相對應(yīng)喻粹,用于訪問可視化腫瘤蛋白組學(xué)網(wǎng)站,關(guān)聯(lián)基因蟆融,生存分析

生存分析

  1. KM-plotter

  2. PrognoScan 可分析特殊GEO數(shù)據(jù)集預(yù)后

  3. TIMER

  4. GEPIA

  5. UALCAN

  6. UCSC

  7. TCPA與TCGA相對應(yīng),用于訪問可視化腫瘤蛋白組學(xué)網(wǎng)站,關(guān)聯(lián)基因守呜,生存分析

藥物分析

  1. GDSC藥物細胞系敏感性分析網(wǎng)站

  2. Depmap腫瘤細胞系型酥、基因山憨、藥物

  3. BioGRID可以查詢基因、蛋白冕末、藥物萍歉、PPI、關(guān)聯(lián)基因档桃、GO等可以關(guān)聯(lián)到好多其他網(wǎng)站枪孩,功能強大!

  4. CTD藥物基因疾病相互作用分析

  5. Drugbank藥物查詢網(wǎng)站

  6. EMBL-EBI可查詢基因蛋白化合物信息

  7. Open Targets Platform

免疫分析

  1. TIMER

  2. TISIDB

特殊數(shù)據(jù)庫

  1. 自噬數(shù)據(jù)庫

  2. eFORGE 表觀遺傳數(shù)據(jù)庫

  3. CellMarker 細胞標志物數(shù)據(jù)庫,可用于單細胞測序

  4. COSMIC癌癥體細胞突變數(shù)據(jù)庫

通路可視化數(shù)據(jù)庫

  1. KEGG

  2. Reactome

  3. Pathview

Selleckchem : https://www.selleck.cn/ 抑制劑

CRISPRlnc : http://www.crisprlnc.org/ crispr/lncRNA

MRPrimerW2 : http://mrprimerw2.com/ qPCR引物

ChIPprimersDB : https://www.chipprimers.com ChIP-PCR引物

PrimerBank:https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/ qPCR引物

Addgene:http://www.addgene.org/ 載體信息共享網(wǎng)站

2.實驗protocol數(shù)據(jù)庫 Jove : https://www.jove.com 視頻/權(quán)限

bio-protocol : https://bio-protocol.org/cn/default.aspx protocol

Current Protocols : https://currentprotocols.onlinelibrary.wiley.com/ protocol

Nature protocol : https://www.nature.com/nprot/ protocol

Springer Protocols : https://experiments.springernature.com/springer-protocols-closure protocol

Cold Spring Harbor Protocols : http://cshprotocols.cshlp.org/ protocol

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
  • 序言:七十年代末藻肄,一起剝皮案震驚了整個濱河市蔑舞,隨后出現(xiàn)的幾起案子,更是在濱河造成了極大的恐慌嘹屯,老刑警劉巖攻询,帶你破解...
    沈念sama閱讀 206,013評論 6 481
  • 序言:濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件,死亡現(xiàn)場離奇詭異州弟,居然都是意外死亡钧栖,警方通過查閱死者的電腦和手機,發(fā)現(xiàn)死者居然都...
    沈念sama閱讀 88,205評論 2 382
  • 文/潘曉璐 我一進店門婆翔,熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來拯杠,“玉大人,你說我怎么就攤上這事啃奴√杜悖” “怎么了?”我有些...
    開封第一講書人閱讀 152,370評論 0 342
  • 文/不壞的土叔 我叫張陵最蕾,是天一觀的道長依溯。 經(jīng)常有香客問我,道長瘟则,這世上最難降的妖魔是什么黎炉? 我笑而不...
    開封第一講書人閱讀 55,168評論 1 278
  • 正文 為了忘掉前任,我火速辦了婚禮醋拧,結(jié)果婚禮上拜隧,老公的妹妹穿的比我還像新娘。我一直安慰自己趁仙,他們只是感情好,可當我...
    茶點故事閱讀 64,153評論 5 371
  • 文/花漫 我一把揭開白布垦页。 她就那樣靜靜地躺著雀费,像睡著了一般。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪痊焊。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上盏袄,一...
    開封第一講書人閱讀 48,954評論 1 283
  • 那天忿峻,我揣著相機與錄音,去河邊找鬼辕羽。 笑死逛尚,一個胖子當著我的面吹牛,可吹牛的內(nèi)容都是我干的刁愿。 我是一名探鬼主播绰寞,決...
    沈念sama閱讀 38,271評論 3 399
  • 文/蒼蘭香墨 我猛地睜開眼,長吁一口氣:“原來是場噩夢啊……” “哼铣口!你這毒婦竟也來了滤钱?” 一聲冷哼從身側(cè)響起,我...
    開封第一講書人閱讀 36,916評論 0 259
  • 序言:老撾萬榮一對情侶失蹤脑题,失蹤者是張志新(化名)和其女友劉穎件缸,沒想到半個月后,有當?shù)厝嗽跇淞掷锇l(fā)現(xiàn)了一具尸體叔遂,經(jīng)...
    沈念sama閱讀 43,382評論 1 300
  • 正文 獨居荒郊野嶺守林人離奇死亡他炊,尸身上長有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛 以下內(nèi)容為張勛視角 年9月15日...
    茶點故事閱讀 35,877評論 2 323
  • 正文 我和宋清朗相戀三年,在試婚紗的時候發(fā)現(xiàn)自己被綠了已艰。 大學(xué)時的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片痊末。...
    茶點故事閱讀 37,989評論 1 333
  • 序言:一個原本活蹦亂跳的男人離奇死亡,死狀恐怖旗芬,靈堂內(nèi)的尸體忽然破棺而出舌胶,到底是詐尸還是另有隱情,我是刑警寧澤疮丛,帶...
    沈念sama閱讀 33,624評論 4 322
  • 正文 年R本政府宣布幔嫂,位于F島的核電站,受9級特大地震影響誊薄,放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏履恩。R本人自食惡果不足惜,卻給世界環(huán)境...
    茶點故事閱讀 39,209評論 3 307
  • 文/蒙蒙 一呢蔫、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望切心。 院中可真熱鬧,春花似錦片吊、人聲如沸绽昏。這莊子的主人今日做“春日...
    開封第一講書人閱讀 30,199評論 0 19
  • 文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽全谤。三九已至,卻和暖如春爷贫,著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間认然,已是汗流浹背补憾。 一陣腳步聲響...
    開封第一講書人閱讀 31,418評論 1 260
  • 我被黑心中介騙來泰國打工, 沒想到剛下飛機就差點兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留卷员,地道東北人盈匾。 一個月前我還...
    沈念sama閱讀 45,401評論 2 352
  • 正文 我出身青樓,卻偏偏與公主長得像毕骡,于是被迫代替她去往敵國和親削饵。 傳聞我的和親對象是個殘疾皇子,可洞房花燭夜當晚...
    茶點故事閱讀 42,700評論 2 345

推薦閱讀更多精彩內(nèi)容