板塊“白話單細(xì)胞”代號(hào)“Vernacular”(白話)目標(biāo)是用最通俗易懂的語言食茎,把單細(xì)胞測(cè)序相關(guān)內(nèi)容給大家講懂。
不知道各位看官有木有發(fā)現(xiàn)试浙,最近高分文章都開始頻繁使用一個(gè)技術(shù)董瞻,那就是mIHC。小編去PubMed數(shù)據(jù)庫中檢索了一下田巴,嚯钠糊,相關(guān)文章還真不少呢,且文獻(xiàn)數(shù)量逐年飆升壹哺。
根據(jù)期刊影響因子將文獻(xiàn)分為四個(gè)水平:“≥20”抄伍、“10~20”、“5~10”和“<5”管宵,繪制五年內(nèi)不同水平期刊的數(shù)目和文獻(xiàn)數(shù)量折線圖(圖2)截珍,可發(fā)現(xiàn)中、高等水平期刊(“5~10”箩朴、“>20”)逐年增加岗喉,尤其是中等水平期刊刊載的文章,5年增長(zhǎng)了將近4倍呀炸庞!
那這到底是何方神圣呢钱床?
多重?zé)晒饷庖呓M化技術(shù)?(Multiplex Immunohistochemical,mIHC) ?是為了解決傳統(tǒng)技術(shù)在研究腫瘤免疫微環(huán)境中的弊端而生的一項(xiàng)技術(shù)埠居,它作為近幾年全球熱點(diǎn)技術(shù)查牌,在腫瘤治療事期、神經(jīng)科學(xué)、干細(xì)胞研究纸颜、器官移植等多個(gè)領(lǐng)域都有重要的研究成果報(bào)道兽泣,為多種疾病精準(zhǔn)診療指明了新方向。
隨著腫瘤免疫微環(huán)境研究成為腫瘤精準(zhǔn)診療基礎(chǔ)胁孙,既往的病理診斷技術(shù)均暴露出一定的局限性唠倦,無法適應(yīng)下一代診斷病理學(xué)的需求。例如浊洞,免疫熒光 (Immunofluorescence牵敷,IF) 僅能標(biāo)記2-3個(gè)指標(biāo),難以準(zhǔn)確刻畫復(fù)雜的腫瘤微環(huán)境的真實(shí)特征法希;免疫組化 (Immunohistochemistry枷餐,IHC) 可通過連續(xù)切片進(jìn)行多指標(biāo)標(biāo)記,但無法準(zhǔn)確分析各個(gè)蛋白苫亦、細(xì)胞間的相關(guān)性毛肋,只能進(jìn)行定性判讀且存在人為主觀性;流式細(xì)胞術(shù)和基因檢測(cè)可以獲得大量細(xì)胞和基因?qū)用娴男畔⑽萁#笔Я怂眯畔⒌脑豢臻g位置關(guān)系润匙。
mIHC可以在細(xì)胞或組織樣本原位上檢測(cè)多個(gè)目標(biāo)靶點(diǎn),通過這些靶點(diǎn)的組合和位置關(guān)系的研究唉匾,進(jìn)而闡明其相互作用機(jī)理孕讳。該項(xiàng)技術(shù)不僅可大幅提高被檢測(cè)信號(hào)的靈敏度,同時(shí)也可解決了在同一張切片上進(jìn)行多種同種屬生物標(biāo)志物檢測(cè)的難題巍膘,通過定量病理分析可獲得組織細(xì)胞原位各種靶標(biāo)類別厂财、組分、表達(dá)量等信息峡懈,各靶標(biāo)及其相互作用的空間定位璃饱、定性和定量等信息,全面肪康、系統(tǒng)荚恶、直觀、科學(xué)地解析這些信息對(duì)于研究疾病的發(fā)生發(fā)展機(jī)制磷支,對(duì)于探討疾病診斷和治療疾病的有效方法有著重要意義谒撼。
如何實(shí)現(xiàn)以上優(yōu)勢(shì)?
根據(jù)mIHC所使用的技術(shù)原理雾狈,如圖3所示廓潜,可以將其分為 (A) 基于顯色染料技術(shù)、 (B) 基于金屬同位素技術(shù)、 (C) 基于熒光技術(shù)和 (D) 基于DNA barcode技術(shù)等四大技術(shù)平臺(tái)[1]茉帅。
A、基于顯色染料的mIHC
典型的代表是羅氏的DISCOVERY ULTRA锭弊,原理是經(jīng)典的IHC的一抗捕獲+二抗顯色的結(jié)構(gòu)堪澎,顯色底物是類似DAB的顯色染料,不過由于它們有較廣的光吸收譜味滞,會(huì)形成一種在光學(xué)顯微鏡下容易區(qū)分的深色染色圖樱蛤,如下圖4所示。DISCOVERY ULTRA技術(shù)不需要另行購(gòu)置配套的光學(xué)顯微鏡剑鞍,使用常規(guī)光學(xué)顯微鏡即可進(jìn)行原位表達(dá)分析昨凡,檢測(cè)多重共定位靶標(biāo)。但是它沒有配套的分析軟件進(jìn)行定性或定量分析蚁署,多靶標(biāo)的共定位結(jié)果分析有一定的難度便脊。它的靶標(biāo)檢測(cè)通量相對(duì)較低,最多可以同時(shí)檢測(cè)5個(gè)靶點(diǎn)光戈。
B哪痰、基于金屬同位素的mIHC
基于金屬同位素技術(shù)的mIHC有兩個(gè)代表性的平臺(tái),一個(gè)是成像質(zhì)譜流式技術(shù)(Imaging Mass Cytometry久妆,IMC)晌杰,它依靠高分辨率的激光燒蝕技術(shù)和質(zhì)譜流式技術(shù)的結(jié)合,理論上最高檢測(cè)指標(biāo)可達(dá)100個(gè)筷弦,根據(jù)目前可以用的同位素類型肋演,實(shí)踐中可以同時(shí)檢測(cè)超過40 個(gè)靶標(biāo)。IMC平臺(tái)的缺點(diǎn)在于圖形獲取速度非常慢烂琴,它是通過免疫熒光的顯色圖來選擇特定區(qū)域進(jìn)行分析的爹殊,如下圖5所示為IMC的人組織顯色圖,對(duì)于一個(gè)1000um2的組織區(qū)域监右,需要耗時(shí)2h來完成數(shù)據(jù)獲取 边灭,另外由于它是單抗體顯色的平臺(tái),缺少二抗及后續(xù)的級(jí)聯(lián)反應(yīng)效應(yīng)健盒,它的靈敏度要比 IF 低绒瘦,而且激光光斑的精度所限,它的分辨率設(shè)定為1um扣癣,比其他mIHC技術(shù)都要低惰帽。
另一個(gè)技術(shù)平臺(tái)是多重離子束成像技術(shù) (Multiplexed Ion Beam Imaging,MIBI) 父虑,檢測(cè)靶標(biāo)數(shù)可達(dá)40-100個(gè)该酗。它有一個(gè)配套的成像和分析軟件平臺(tái) MIBItracker Software ,可以在多個(gè)分辨率下進(jìn)行重掃描,獲得亞細(xì)胞定位信息呜魄,它不僅可以獲取免疫細(xì)胞浸潤(rùn)悔叽、細(xì)胞形態(tài)和空間定位,同時(shí)也可以獲得蛋白的定量表達(dá)結(jié)果爵嗅。但是空間位阻和非特異性吸附依然是它的一個(gè)挑戰(zhàn)娇澎,合適的染色和成像也有一定的難度,還有一個(gè)缺點(diǎn)是它的成本非常高睹晒。
C趟庄、基于熒光成像的mIHC
Vectra是一個(gè)基于免疫熒光的多重IHC/IF檢測(cè)技術(shù),通過多次染色循環(huán)伪很,可以實(shí)現(xiàn)同時(shí)檢測(cè)9個(gè)靶標(biāo)(如圖7所示)戚啥。每一次染色循環(huán)后,需要洗去上一循環(huán)留下的染色標(biāo)記锉试,因此徹底清除多重染色循環(huán)間的檢測(cè)殘留是Vectra的一個(gè)挑戰(zhàn)猫十。這個(gè)技術(shù)是過去5年中最為廣泛采用的mIHC技術(shù)之一,已經(jīng)有醫(yī)院和研究機(jī)構(gòu)采用它作為臨床檢測(cè)平臺(tái)以幫助臨床醫(yī)生進(jìn)行臨床診斷〈舾牵現(xiàn)在已經(jīng)有了很多自動(dòng)化的染色設(shè)備如Leica Bond Max炫彩,一天可以完成30張七色病理切片的染色。
D絮短、 基于DNA barcode的mIHC
基于DNA Barcode的技術(shù)主要包括兩種江兢,一種是DSP空間多組學(xué)技術(shù)平臺(tái),它的實(shí)現(xiàn)原理是依靠一個(gè)特殊設(shè)計(jì)的連接了DNA barcode的抗體丁频,檢測(cè)抗體與DNA barcode間通過一個(gè)紫外光解的連接子連接杉允,可以在紫外光的照射下釋放DNA barcode,對(duì)DNA barcode進(jìn)一步的測(cè)定即可實(shí)現(xiàn)靶標(biāo)的定量檢測(cè)席里,同樣的由于使用DNA barcode進(jìn)行靶標(biāo)的區(qū)分叔磷,突破了熒光圖像的可用通道數(shù)的限制。通過選擇合適的區(qū)域進(jìn)行測(cè)定奖磁,可以實(shí)現(xiàn)空間蛋白組學(xué)的多重靶點(diǎn)的定量檢測(cè)改基。DSP并不局限于蛋白靶點(diǎn)檢測(cè),也可以進(jìn)行RNA靶標(biāo)的檢測(cè)咖为,使用經(jīng)過特殊設(shè)計(jì)的探針進(jìn)行靶標(biāo)吸附秕狰,相比傳統(tǒng)的RNA-seq,DSP除了有空間定位信息外躁染,還可以檢測(cè)到低豐度基因表達(dá)數(shù)據(jù)鸣哀。
另外一個(gè)CO detection by indEXing (CODEX)技術(shù)也是依賴于多重染色技術(shù)實(shí)現(xiàn)多重靶標(biāo)檢測(cè),其核心設(shè)計(jì)原理是每種抗體上標(biāo)記特異性寡核苷酸“條碼標(biāo)簽”(Barcode)吞彤,成像所需的熒光染料是通過和Barcode互補(bǔ)序列特異性結(jié)合我衬,使得該技術(shù)突破可見光譜熒光成像通道數(shù)量的限制叹放。
如何讓mIHC為我們的文章服務(wù)?
mIHC的應(yīng)用的場(chǎng)景是非常的廣泛的挠羔,比如:組織微環(huán)境特征分析及生物標(biāo)記物發(fā)現(xiàn)井仰;臨床試驗(yàn)病人入組分析;生物標(biāo)志物定量檢測(cè)及藥效預(yù)測(cè)和預(yù)后評(píng)估破加;分析疾病微環(huán)境中各種類型細(xì)胞間的空間分布關(guān)系糕档;復(fù)雜細(xì)胞表型、功能狀態(tài)的判別拌喉;分子分型;TILs(腫瘤浸潤(rùn)淋巴細(xì)胞)分析俐银、腫瘤浸潤(rùn)邊界特征分析尿背;用于推演信號(hào)通路上、下游分子協(xié)同表達(dá)的關(guān)系等捶惜。下面是幾個(gè)應(yīng)用實(shí)例:
應(yīng)用實(shí)例一:腫瘤免疫浸潤(rùn)
乳腺癌 (Breast Cancer,BC) 中腫瘤浸潤(rùn)淋巴細(xì)胞 (Tumor-infiltrating Lymphocytes,TILs)的數(shù)量是提高患者生存率的強(qiáng)有力的預(yù)后因素田藐,尤其是在三陰性 (Triple-negative Breast Cancer,TNBC) 和 HER2 過表達(dá)的 BC 亞型中。盡管 T 細(xì)胞是 TILs 中主要的群吱七,但 T 細(xì)胞亞群的數(shù)量和差異與患者預(yù)后之間的關(guān)系仍未可知汽久。
Peter Savas[4]等人利用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 (scRNA-seq) 數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)較多數(shù)量的 CD8+ T細(xì)胞與表達(dá) CD103 的這些細(xì)胞之間存在顯著相關(guān)性,并利用mIHC 可以獲得各靶標(biāo)及其相互作用的空間定位踊餐、定性和定量等信息的特點(diǎn)景醇,在原發(fā)性 TNBC 中證實(shí)了同樣表達(dá) CD103 的 CD8+ T 細(xì)胞的存在(圖10)。作者的研究揭示了 BC 中 CD8+T 細(xì)胞差異吝岭,并證實(shí)差異細(xì)胞中基因標(biāo)志和 TNBC 的存活率提高之間存在顯著關(guān)聯(lián)三痰,為進(jìn)一步了解 T 細(xì)胞亞群的發(fā)育、維持和調(diào)節(jié)奠定了基礎(chǔ)窜管。
應(yīng)用實(shí)例二:腫瘤微環(huán)境研究
Halse, H[5]等人運(yùn)用 mIHC 對(duì)轉(zhuǎn)移性黑色素瘤中的免疫亞群進(jìn)行精準(zhǔn)定位散劫,數(shù)據(jù)量化了腫瘤內(nèi) (Intra-tumor, IT) 與腫瘤基質(zhì) (Peri-tumoral, stroma) 的免疫亞群數(shù)量,以及免疫亞群與 (Tumor margin, TM) 的距離幕帆。
如圖11所示获搏,使用 mIHC 在特定腫瘤區(qū)域分析轉(zhuǎn)移性黑色素瘤中免疫亞群的精確位置,觀察不同免疫亞群在瘤內(nèi)的表達(dá)情況失乾。結(jié)果顯示常熙,對(duì)于黑色素瘤的 MelTIL026 (盆腔淋巴結(jié)) 切片,大多數(shù) T 細(xì)胞為 CD4+T 細(xì)胞碱茁,且在腫瘤邊緣 (TM) 和間質(zhì)區(qū)域 (S) 突出症概,在腫瘤內(nèi) (IT) 區(qū)域CD4+和CD8+ T細(xì)胞數(shù)量較少。
應(yīng)用實(shí)例三:腫瘤免疫治療分析
癌癥免疫療法為應(yīng)答患者提供了生存益處早芭,但許多患者未能應(yīng)答彼城。識(shí)別治療反應(yīng)和耐藥性的生物學(xué)特性是優(yōu)化藥物選擇和改善患者結(jié)果的首要任務(wù)。Tuba N Gide[6]等人對(duì)158個(gè)黑色素瘤患者的腫瘤活檢進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組和免疫分析,這些患者接受了抗PD-1單藥治療(n = 63)或抗PD-1和抗CTLA-4聯(lián)合治療(n = 57)募壕。并使用mIHC量化黑色素瘤活檢中的T細(xì)胞和已知預(yù)測(cè)標(biāo)記物(PD-L1)的密度和空間位置(圖12)调炬,結(jié)果顯示對(duì)單一療法和聯(lián)合免疫療法有反應(yīng)的患者在治療前和治療期間有較高的免疫細(xì)胞浸潤(rùn),與之前的研究和數(shù)據(jù)一致舱馅。
這些免疫細(xì)胞群的量化確定了應(yīng)答者在兩種治療中激活的T細(xì)胞特征和T細(xì)胞群缰泡,可用于預(yù)測(cè)患者對(duì)當(dāng)前基于反PD-1的治療方法的反應(yīng),為癌癥患者的治療選擇和未來治療策略提供了重要信息代嗤。
mIHC技術(shù)作為當(dāng)今腫瘤課題領(lǐng)域的最新技術(shù)棘钞,可從三個(gè)維度(定性、定量干毅、定位)定義和刻畫腫瘤微環(huán)境宜猜,其優(yōu)秀的數(shù)據(jù)整合能力及廣泛的應(yīng)用場(chǎng)景更能為您的文章增光添彩!還愣著干嘛呀硝逢,快來找我們聊聊怎么開展實(shí)驗(yàn)吧~
參考文獻(xiàn)
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[4]Savas, Peter et al. “Single-cell profiling of breast cancer T cells reveals a tissue-resident memory subset associated with improved prognosis.” Nature medicine vol. 24,7 (2018): 986-993. doi:10.1038/s41591-018-0078-7
[5] Halse, H et al. “Multiplex immunohistochemistry accurately defines the immune context of metastatic melanoma.” Scientific reports vol. 8,1 11158. 24 Jul. 2018, doi:10.1038/s41598-018-28944-3
[6] Gide, Tuba N et al. “Distinct Immune Cell Populations Define Response to Anti-PD-1 Monotherapy and Anti-PD-1/Anti-CTLA-4 Combined Therapy.” Cancer cell vol. 35,2 (2019): 238-255.e6. doi:10.1016/j.ccell.2019.01.003