1瘾敢、擴(kuò)增曲線(如果做雙ΔCT法):
(1)擴(kuò)增曲線必須是S型炼蹦,有明顯的四個(gè)時(shí)期瓦灶,且復(fù)孔的CT值盡量一致bai奶陈,相差不要超過0.5個(gè)CT值(上限是1個(gè)CT值);
(2)同一個(gè)基因在不同濃度的相同模板下擴(kuò)增,其相差的CT值為相差濃度倍數(shù)的2次開方饵沧。當(dāng)然這是理論值锨络;另外陰性對照不能有擴(kuò)增(40個(gè)循環(huán)以后出CT值屬正常現(xiàn)象狼牺,也可算作沒有擴(kuò)增)羡儿。
2、溶解曲線:
(1)溶解曲線是判斷擴(kuò)增產(chǎn)物是否單一的曲線是钥,顧名思義掠归,其跟模板(或其濃度)沒有關(guān)系,擴(kuò)增什么基因就應(yīng)該有其相對應(yīng)的溶解曲線悄泥;
(2)一般SYBR法的目的基因峰值在80~90℃之間虏冻;
(3)出現(xiàn)其他峰就該考慮是否為引物二聚體(一般為60~75℃之間)視引物長度而定,而基因組DNA污染的峰會在90℃以后弹囚。出現(xiàn)引物二聚體可能是引物設(shè)計(jì)厨相、引物加量等原因所致;
(4)基因組DNA那么考慮設(shè)計(jì)跨內(nèi)含子引物或者實(shí)驗(yàn)之前做gDNA的消除工作鸥鹉。而陰性對照有目的峰那可能就是模板污染领铐,注意實(shí)驗(yàn)操作等避免模板污染。
3宋舷、溶解曲線是為了驗(yàn)證擴(kuò)增產(chǎn)物特異性的,要是溶解曲線是單峰說明產(chǎn)物只有一條瓢姻,結(jié)果較好祝蝠;要是雙峰說明產(chǎn)物不特異,可能存在引物二聚體或非特異性擴(kuò)增幻碱,有可能引物設(shè)計(jì)有問題绎狭。
溶解曲線分析:
1、可以用來確定不同的反應(yīng)產(chǎn)物褥傍,包括非特異性產(chǎn)物儡嘶。
2、擴(kuò)增反應(yīng)完成后恍风,通過逐漸增加溫度同時(shí)監(jiān)測每一步的熒光信號來產(chǎn)生溶解曲線蹦狂,隨著反應(yīng)中雙鏈DNA變性,熒光染料又回復(fù)到游離狀態(tài)導(dǎo)致熒光信號降低朋贬。
3凯楔、用熒光信號改變的負(fù)的一次導(dǎo)數(shù)與溫度作圖,在擴(kuò)增產(chǎn)物的溶解溫度上有一特征峰(Tm锦募,DNA雙鏈解鏈50%的溫度)摆屯,用這個(gè)特征峰就可以將特異產(chǎn)物與其它產(chǎn)物如引物二聚體區(qū)分開,
4糠亩、溶解曲線是為了觀察擴(kuò)增發(fā)出熒光的片段是不是需要的產(chǎn)物虐骑。如果溶解曲線做出來只有單峰准验,且出鋒位置是退火溫度,那么這個(gè)是產(chǎn)物發(fā)出的熒光廷没,實(shí)驗(yàn)結(jié)果有效糊饱。
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