生信星球?qū)W習(xí)小組day3——linux環(huán)境下安裝軟件——Milin我心
今天的學(xué)習(xí)模式是串聯(lián)的模式
第一步：先在云服務(wù)器上使用uname -a查看是多少位餐曼，答案是64位的童社，在[清華鏡像]（https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/）網(wǎng)站上童擎，選擇“l(fā)atest”的linux x86_64的版本下載弯菊，下載的命令是wget疮丛，注意復(fù)制可以從windows系統(tǒng)中鼠標(biāo)懸浮在目標(biāo)上點(diǎn)右鍵可以查看復(fù)制待鏈接焕数。
第二步：安裝盗扒， 安裝的命令是bash 文件名跪楞，中途yes、enter等等侣灶。
第三步：激活甸祭， source ~/.bashrc
第四步：添加鏡像， conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes
第五步：查看conda上所有軟件列表褥影，conda list池户，感覺確實(shí)包括很多好軟件！
第六步：搜索自己感興趣的conda軟件凡怎，conda search 軟件名
第七步：安裝這個(gè)軟件校焦，conda install 軟件名
第八步：卸載這個(gè)軟件，conda remove 軟件名
第九步：conda環(huán)境：首先查看當(dāng)前環(huán)境 conda info --envs统倒，可見目前只有一個(gè)環(huán)境寨典，即base，然后建立另一個(gè)環(huán)境房匆，課程中舉了rnaseq的例子耸成，用三代python，conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y,再次查看環(huán)境后發(fā)現(xiàn)又多出了一個(gè) rna-seq 的環(huán)境浴鸿，最后conda activate rna-seq激活環(huán)境井氢。
思路導(dǎo)圖如下：
