熟悉使用linux應(yīng)用商店miniconda
1.谷歌搜索miniconda清華進(jìn)入鏡像站主頁
2.鍵入uname -a以查看服務(wù)器位數(shù)
3.找到最新版本的miniconda，右鍵選擇復(fù)制下載鏈接
4.cd biosoftware/進(jìn)入之前建立的目錄
5.下載軟件wget+上一步復(fù)制的下載鏈接
download miniconda
6.安裝minicondabash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,pressenter以跳過安裝過程提示的版權(quán)信息本姥，直到最后安裝成功
安裝成功界面
7.激活軟件presssource ~/.bashrc來激活conda
激活成功
8.添加鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels[https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
conda的應(yīng)用練習(xí)
-
conda list: 查看所有軟件列表 -
conda search: +軟件名各拷，搜索相應(yīng)軟件
以搜索tk為例 -
conda install: 安裝軟件，格式為conda install xx -y客年，其中-y表示自動安裝(默認(rèn)安裝為最新版本)
conda install software name=version number -可以對指定版本號的軟件進(jìn)行安裝 -
conda remove: 卸載軟件霞幅，格式為conda remove software name -y例如下載安裝的tk軟件，則輸入conda remove tk -y -
conda info --envs: 查看當(dāng)前conda有哪些環(huán)境（環(huán)境的作用為--提供不同軟件或者同一軟件的不同版本量瓜，在不同的環(huán)境下同時工作） -
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y: 創(chuàng)建一個名稱為rna-seq的conda environment 司恳，指定python版本為3，一并安裝fastqc, trimmomatic軟件,隨后查看環(huán)境變化conda info --envs
environment -
conda activate rna-seq(接上一條)實(shí)例激活上一步新建的conda環(huán)境rna-sep
change environment
內(nèi)容來源--微信公眾號生信星球
