原始數(shù)據(jù)上傳NCBI-轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)

經(jīng)常碰到老師在文章接收過程中,編輯要求將原始數(shù)據(jù)上傳NCBI作郭,要是沒有數(shù)據(jù)上傳經(jīng)驗(yàn)的不要慌邓线,小編手把手教你如何快速上傳數(shù)據(jù)至NCBI

(一)NCBI賬號:上傳數(shù)據(jù)必須有自己的NCBI賬號顽频,2022年以前注冊的NCBI賬號現(xiàn)在不能直接用了,需要用第三方平臺進(jìn)行驗(yàn)證登錄篷帅,常用的可以使用windons賬號或orcid賬號進(jìn)行登錄,小編推薦使用orcid:orcid官網(wǎng)汗销。注冊后需要完善個人信息犹褒,要不不能上傳數(shù)據(jù),完善信息按鈕如下:

圖1 賬號完善

(二)進(jìn)入NCBI主頁:NCBI官網(wǎng)弛针,點(diǎn)擊Submit
圖2 上傳按鈕

原始數(shù)據(jù)需要選擇上傳SRA
圖3 選擇上傳SRA

(三)創(chuàng)建新的submission叠骑,開始上傳工作

圖4 創(chuàng)建新的submission

(1)SUBMITTER,系統(tǒng)自動帶出個人賬號的信息削茁,可以對信息進(jìn)行修改
圖5 SUBMITTER

(2)General InformationBioProject跟BioSample后續(xù)會自動生產(chǎn)宙枷,這里不需要提前創(chuàng)建,都選No茧跋,發(fā)表時(shí)間可選 1)上傳就釋放慰丛,2)文章發(fā)表或選定日期早出來的那個
圖6 general Information

(3)Project Info 數(shù)據(jù)標(biāo)題,以及描述信息
圖7 Project info

(4)BioSample Type小編這里是植物樣本瘾杭,選擇Plant
圖8 Biosample Type

(5)Biosample Attributes上傳樣本信息表诅病,下載Download Excel
圖9 Biosample Attributes

樣本信息表填寫 綠色必須填寫,藍(lán)色至少寫一列粥烁,并且至少一列名稱需要不一樣贤笆,要不后續(xù)會報(bào)錯,小編分享自己通過的模板:
圖10 信息表模板

(6)SRA MetaData填寫需要上傳數(shù)據(jù)文件讨阻,需要下載模板Download Excel spreadsheet

圖11 SRA MetaData

小編這里給出自己上傳成功的模板芥永,這里的filename需跟上傳數(shù)據(jù)命名一直
圖12 SRA數(shù)據(jù)上傳模板

(7)Files,SRA上傳钝吮,小編強(qiáng)烈推薦使用Aspera 工具進(jìn)行上傳埋涧,小編上傳速度達(dá)到40M/s板辽,比其他方式快幾十倍。
下載aspera:地址aspera棘催,選擇IBM Aspera Connect劲弦,安裝后,還需下載圖13中的key file巧鸭,

圖13 選擇Aspera上傳

上傳命令:小編Windows系統(tǒng)瓶您,首先快捷方式win+r,然后輸入cmd纲仍,然后根據(jù)圖13提示呀袱,輸入命令,例如小編命令:

C:\Users\xutt\AppData\Local\Programs\Aspera\AsperaConnect\bin\ascp.exe -i C:\Users\xutt\AppData\Local\Programs\Aspera\AsperaConnect\bin\aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d C:\Users\xutt\Desktop\Data subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/xutt_cpu.edu.cn_UAATarkk
圖14 Windows上傳命令

(五)小編后續(xù)要是上傳重測序數(shù)據(jù)郑叠,或者基因組數(shù)據(jù)夜赵,再更新相關(guān)內(nèi)容,對應(yīng)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)上傳乡革,相信小編寫的很詳細(xì)了寇僧。

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