測(cè)序文章在審稿期間郭膛，審稿人往往需要作者上傳原始數(shù)據(jù)至NCBI。而搜索引擎搜到的參考資料甚少氛悬，不得不邊摸索邊總結(jié)则剃，幾番倒騰終于上傳成功。今天小編把經(jīng)驗(yàn)用圖文展示如捅，手把手教你棍现，一步步上傳自己的測(cè)序測(cè)序數(shù)據(jù)值NCBI。
本文原載于公眾號(hào)"生信天團(tuán)"镜遣，此處做進(jìn)一步修改完善己肮。

首先，你需要注冊(cè)一個(gè)NCBI的賬號(hào)悲关，用自己常用的郵箱申請(qǐng)即可朴肺。
然后登陸到SRA數(shù)據(jù)庫(kù)的官方網(wǎng)址：https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/

操作步驟：

在SRA官方網(wǎng)址點(diǎn)擊New submission，進(jìn)入Submission Portal界面坚洽，以下步驟按照SRA遞交程序講解戈稿，標(biāo)記“***”為重點(diǎn)內(nèi)容。

一讶舰、SUBMITTER

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按照內(nèi)容提示鞍盗，填寫(xiě)相關(guān)的信息需了，如提交者姓名、郵箱般甲、單位肋乍、地址等……
最后點(diǎn)擊Continue

注意，填寫(xiě)郵箱會(huì)提示qq敷存、163墓造、foxmail等郵箱不能收到NCBI郵件，需要提供其他可供使用的郵箱锚烦。事實(shí)上觅闽，是可以收到NCBI郵件的，但是還是按照要求換成其他涮俄，如gmail等蛉拙。

二、GENERAL INFO

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BioProject：詢問(wèn)是否注冊(cè)過(guò)BioProject彻亲，第一次遞交或者不同的測(cè)序工程孕锄，選擇No。
BioSample：詢問(wèn)是否提交過(guò)BioSample苞尝，選擇No畸肆。
Release data：公開(kāi)日期≈嬷罚可以選擇立即釋放或者指定日期恼除，依個(gè)人需求。
點(diǎn)擊Continue

三曼氛、PROJECT INFO

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四餐抢、BIOSAMPLE TYPE

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五、BIOSAMPLE ATTRIBUTES

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填寫(xiě)說(shuō)明：sample_name必須唯一，且與提交的 clean data文件匹配圾亏。綠色表達(dá)必填選項(xiàng)十拣，藍(lán)色表示這些字段中至少有一個(gè)是必需的，黃色標(biāo)識(shí)可選內(nèi)容志鹃。
填寫(xiě)完成保存后夭问，選擇Choose file上傳文件。
點(diǎn)擊Continue
如果提交后報(bào)錯(cuò) :
Error: Your table upload failed because multiple BioSamples cannot have identical attributes.
破解辦法：在文件末尾新添一列弄跌，如id，并編號(hào)1尝苇，2铛只，3……

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六、SRA METADATA

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SRA metadata：遞交數(shù)據(jù)的格式糠溜，提供在線表格和Excel文檔淳玩，建議Excel。
下載Download Excel spreadsheet 非竿，如下圖：
Sheet1 = Contact Info and Instructions蜕着，填寫(xiě)說(shuō)明文檔
Sheet2 = SRA_data，真正需要自己手動(dòng)填寫(xiě)的部分
這里提供我上傳的范例：

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【重點(diǎn)：難點(diǎn)：易錯(cuò)點(diǎn)】

1. 雙側(cè)測(cè)序：針對(duì)illumina轉(zhuǎn)錄組測(cè)序红柱，都是采用雙端測(cè)序承匣，一個(gè)樣本會(huì)產(chǎn)生兩個(gè)文件，分別為左右兩端锤悄。而在上傳時(shí)候韧骗，只需要在一個(gè)生物樣本內(nèi)，填寫(xiě)兩個(gè)filename即可零聚。這也是筆者摸索很久才搞清楚的袍暴。而其他諸如microRNA則采用單端測(cè)序，只需遞交一個(gè)filename即可隶症。
2. 生物重復(fù)：可以在design_description中寫(xiě)明生物重復(fù)政模。
3. 樣品名字：最好將samplename和之前Biosample attributes提交內(nèi)容一致。libraryID我是復(fù)制sample_name蚂会。
   點(diǎn)擊Continue

七淋样、FILES

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這才進(jìn)入上傳數(shù)據(jù)的主題，有三種可供選擇的上傳方式：
Method 1. 網(wǎng)頁(yè)上傳：建議文件大小不超過(guò)2GB胁住，大于2GB則需要安裝Aspera connect插件习蓬。
Method 2. FTP纽什、Aspera、Amazon S3上傳：

• FTP: 點(diǎn)擊選擇躲叼，展開(kāi)列表可以看到具體上傳的方式芦缰。需要下載安裝FileZilla等軟件，NCBI會(huì)提供你上傳的地址枫慷、用戶名和密碼让蕾。如我的是

 Address: ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov
 Username: subftp 
Password: ******* ***

• Aspera：懂得linux操作的應(yīng)該對(duì)這個(gè)軟件不陌生，是上傳下載原始數(shù)據(jù)的利器或听，可以參看我之前的文章SRA原始數(shù)據(jù)高速下載查閱使用教程探孝。
  
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  以Linux為例：
  ? 首先，下載Get the key file文件誉裆，然后將紅色框內(nèi)代碼保存為txt文件顿颅。將兩個(gè)文件上傳至自己的服務(wù)器或linux上。

? 命令行操作代碼：

 ascp -i <path/to/key_file>  -QT -l100m -k1 -d <path/to/folder/containing files>  subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/jfxie2013_163.com_00yOGS42

<path/to/key_file>：路徑為下載好的“Get the key file”文件的絕對(duì)路徑（文件名為aspera.openssh）
<path/to/folder/containing files>：所有需要上傳的文件的文件夾路徑足丢，注意里面不要包含其他任何無(wú)關(guān)數(shù)據(jù)粱腻。
注意：確保ascpera添加到環(huán)境變量中。
之后靜待數(shù)據(jù)上傳吧斩跌，Aspera上傳的另一個(gè)好處是可以支持?jǐn)帱c(diǎn)續(xù)傳绍些，簡(jiǎn)直不要太贊了。

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1. 下載Aspera軟件耀鸦，并安裝柬批。https://www.ibm.com/aspera/connect/
2. 要下載key file，并記住下載的位置袖订，后面需要調(diào)用這個(gè)文件氮帐。

3. 啟動(dòng)Windows + R→ 輸入cmd → 確定 → 打開(kāi)命令提示符
   首先將目錄轉(zhuǎn)移到aspera的根目錄下，即bin目錄下

   
   
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4. 輸入提供的命令行代碼并修改文件位置即可（不受中文影響）洛姑。

   
   
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Method 3. Amazon S3: 應(yīng)該是亞馬遜云服務(wù)揪漩。

上傳完成后點(diǎn)擊Select preload folder
點(diǎn)擊Refresh folders可以看到已經(jīng)上傳好的數(shù)據(jù)，盡快進(jìn)行下一步吏口，好像這個(gè)保存并非長(zhǎng)久的奄容。
然后選擇Use selected folder。
點(diǎn)擊Continue

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八产徊、REVIEW & SUBMIT

進(jìn)入這一頁(yè)已基本完成了昂勒，再審查一下所遞交的內(nèi)容有無(wú)紕漏。
無(wú)需多久NCBI就會(huì)審核通過(guò)舟铜。

參考資料：

1. 原始數(shù)據(jù)上傳NCBI戈盈，手把手帶你輕松搞定！
2. 如何向NCBI的SRA上傳數(shù)據(jù)
3. Question: SRA submission Error
4. SRA原始數(shù)據(jù)高速下載