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跟著Nat Commun學(xué)作圖 | 4.配對箱線圖+差異分析
今天要學(xué)習(xí)的圖來自2021年10月29號發(fā)表在的Nature Communication上的一篇文章，題目是【新冠肺炎患者呼吸道菌群組成及其與宿主相互作用的臨床研究】挠锥。今天先來復(fù)現(xiàn)其中的一幅配對箱線圖。
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DOI:10.1038/s41467-021-26500-8
讀圖
Snipaste_2021-11-22_00-20-29
該圖為患者使用藥物(左側(cè)侨赡，7例患者,14例樣本)或機械通氣(右側(cè)蓖租，4例患者,8例樣本)前后α多樣性的患者內(nèi)差異(檢驗方法：雙側(cè)Wilcoxon符號秩檢驗)。
示例數(shù)據(jù)及作圖前準備
由于作者給開源的數(shù)據(jù)設(shè)置了權(quán)限羊壹，這里就對ggpubr自帶的ToothGrowth數(shù)據(jù)集進行添加一列編號信息作為示例數(shù)據(jù)蓖宦。
導(dǎo)入數(shù)據(jù)
# 導(dǎo)入數(shù)據(jù)并查看數(shù)據(jù)集格式
library(ggpubr)
data <- read.csv("test.csv")
head(data)
# id列用于配對
> head(data)
len supp id
1 4.2 VC 1
2 11.5 VC 2
3 7.3 VC 3
4 5.8 VC 4
5 6.4 VC 5
6 10.0 VC 6
繪制
ggpaired(data, x="supp", y="len", fill="supp",id = "id",
add="jitter",line.color = "gray", line.size = 0.4,
palette=c("#83B8D7","#354B99"),
xlab="my test",
ylab="supp", title = "supp-length",
legend.title="supp") +
# 秩和檢驗
stat_compare_means(method="wilcox", paired = T, comparisons=list(c("OJ", "VC"))) +
theme_bw() +
# 設(shè)置主次網(wǎng)格線
theme(panel.grid.major = element_line(colour = "gray97"),
panel.grid.minor = element_line(colour = "gray97")) +
# 設(shè)置軸標題和圖標標題
theme(axis.title = element_text(face = "bold"),
plot.title = element_text(size = 14,
face = "bold"), legend.title = element_text(face = "bold"))
# 保存圖片
ggsave(filename = "test.pdf", device="pdf", height=6, width=6, useDingbats=FALSE)
結(jié)果展示
Snipaste_2021-11-22_09-26-40
數(shù)據(jù)及代碼
見原文：https://mp.weixin.qq.com/s/-t42ahh7yEeXCfxC0vnZsA
后記
關(guān)于更<u>詳細的代碼講解、作者的原代碼的一些細節(jié)以及我修改的地方</u>會在之后的視頻教程中詳細講到油猫，有興趣的可以關(guān)注我的B站【木舟筆記】稠茂。
往期內(nèi)容
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