跟著Cell學(xué)作圖|9.PPI分析(GeNets數(shù)據(jù)庫(kù))
“實(shí)踐是檢驗(yàn)真理的唯一標(biāo)準(zhǔn)氧卧∪胪担”
“復(fù)現(xiàn)是學(xué)習(xí)R語(yǔ)言的最好辦法荆姆「刈撸”
這篇2020年發(fā)表在cell上關(guān)于新冠的組學(xué)文章里面有大量的生信內(nèi)容忱嘹。今天帶大家復(fù)現(xiàn)其中的一個(gè)Supplemental Figure：蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)嘱腥。
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本文示例數(shù)據(jù)領(lǐng)取：后臺(tái)回復(fù)“20210504”
讀圖
對(duì)于蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)圖：
-
節(jié)點(diǎn)表示
蛋白質(zhì)拘悦， -
節(jié)點(diǎn)的連線表示
蛋白質(zhì)之間存在相互作用齿兔， -
節(jié)點(diǎn)的顏色表示基因的
聚類 -
連線的顏色反映了
相互作用類型，包括試驗(yàn)驗(yàn)證的或預(yù)測(cè)得到的础米，也包含直接物理作用分苇、共表達(dá)、基因融合等關(guān)系屁桑。
蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)
蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)（Protein-Protein Interaction Networks医寿，PPI）是由蛋白通過(guò)彼此之間的相互作用構(gòu)成，來(lái)參與生物信號(hào)傳遞蘑斧、基因表達(dá)調(diào)節(jié)靖秩、能量和物質(zhì)代謝及細(xì)胞周期調(diào)控等生命過(guò)程的各個(gè)環(huán)節(jié)艾帐。系統(tǒng)分析大量蛋白在生物系統(tǒng)中的相互作用關(guān)系，對(duì)了解生物系統(tǒng)中蛋白質(zhì)的工作原理盆偿，了解疾病等特殊生理狀態(tài)下生物信號(hào)和能量物質(zhì)代謝的反應(yīng)機(jī)制柒爸，以及了解蛋白之間的功能聯(lián)系都有重要意義。
常用的PPI分析數(shù)據(jù)庫(kù)有STRING事扭，bioGRID捎稚，然而在分析時(shí)其功能也是有一定的局限性。
這篇Cell使用的數(shù)據(jù)庫(kù)名字叫做GeNets（網(wǎng)址：http://apps.broadinstitute.org/genets#）求橄。這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)可以通過(guò)機(jī)器學(xué)習(xí)方法對(duì)差異基因進(jìn)行分析今野，找出其關(guān)鍵基因以及信號(hào)通路；也可以通過(guò)聚類找到的差異基因進(jìn)行聚類罐农。
繪制
1. 打開(kāi)并注冊(cè)GeNets
2. 導(dǎo)入數(shù)據(jù)
3.開(kāi)始作圖
4. 調(diào)整
去掉Not Assigned基因条霜。
- 下載
節(jié)點(diǎn)信息數(shù)據(jù)
-
刪去
Not Assigned基因210503_5 把剩下的基因粘貼回去重新分析。
5. 設(shè)置并導(dǎo)出
對(duì)圖片進(jìn)行設(shè)置涵亏。大家動(dòng)動(dòng)手就知道每個(gè)項(xiàng)目是什么意思了宰睡，這里就不細(xì)說(shuō)了，后面會(huì)在視頻里講的詳細(xì)點(diǎn)气筋。
寫(xiě)在后面：
本系列重在復(fù)現(xiàn)拆内，所以有些細(xì)節(jié)可能講的不是很詳細(xì)。大家有問(wèn)題可以后臺(tái)私信宠默，或者在我的B站：
木舟筆記進(jìn)行互動(dòng)麸恍！制作不易，希望大家多多支持搀矫！
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