名詞解釋
flowcell （流動池）
flwocell是帶有流通槽的玻璃滑塊帚称，是測序反應(yīng)的載體惊窖，里面有8條lane街氢。
lane（流通槽）
lane是測序反應(yīng)的平行泳道狈定，是試劑添加、洗脫等過程的發(fā)生位置瓜富。
tile
每一個lane里最小的單位叫做一個tile鳍咱，每個tile會種下不同的cluster，每個tile在一次循環(huán)中會拍照4次（每個堿基一次）与柑。
reads
測序的結(jié)果就叫做一個reads流炕，對雙端測序來說澎现，5'端reads叫reads1仅胞，3'端reads叫reads2每辟。
illumina測序的工作流程
https://www.bilibili.com/video/av13107081
一.sample prep（樣本準(zhǔn)備）
樣品準(zhǔn)備就是在DNA fragments（片段）的末端添加adaptors（接頭）。超聲波將DNA分子打斷成300-800bp長序列片段（人類基因組打成300-500bp）干旧，用酶補(bǔ)平為平末端渠欺，然后3‘端加一個A堿基（因為接頭的3‘端有一個突出的T），再在兩端加上互補(bǔ)配對的adapter椎眯，再通過PCR擴(kuò)增達(dá)到一定濃度挠将，構(gòu)成單鏈DNA文庫。
二.cluster generation(簇形成)
每一個lane固定了兩種不同的oligos（寡聚核苷酸引物）（垂直于lane）编整，測序時舔稀，兩種oligos中的一種和fragment上的adaptor互補(bǔ)結(jié)合，如下圖所示：
再之后雙鏈分子變性掌测，原始模板（左）被洗去内贮，右邊鏈通過bridge PCR進(jìn)行擴(kuò)增。隨后不斷擴(kuò)增汞斧，生成數(shù)百萬個cluster夜郁，如下圖：
之后所有的reverse strands（反向鏈）被切斷洗去，只留下forward strands（正向鏈）粘勒。正向鏈的3'端會封鎖竞端，防止特異性結(jié)合。
三.sequencing（測序）
測序從第一個測序引物primer的延伸開始庙睡，生成第一個read（讀段）事富。每一個核苷酸都帶有熒光標(biāo)記。四種核苷酸帶有四個不同的熒光標(biāo)記乘陪，發(fā)射出特征性的熒光信號统台，這個專有過程叫sequencing-by-synthesis.循環(huán)結(jié)束后，生成的read product被沖掉暂刘，在生成下一個read饺谬。整個過程生成數(shù)百萬個reads，代表所有的fragment谣拣。
https://www.bilibili.com/video/av9273946
這個視頻的21分有講雙端測序的過程募寨，自己寫的過程里沒提到第二條鏈怎么生成的。
四.data analysis（數(shù)據(jù)分析）
測序后生成的文件為fastq格式森缠，每4行為一個read拔鹰，read第1行：空格左邊（從紅色的1開始）為ID信息，DJG8....為測序儀信息，后邊數(shù)字代表是測序儀運(yùn)行的第272次礁击。空格右邊為barcode信息生兆，用于區(qū)分樣品瓷马。第2行為測序結(jié)果序列信息拴还。第4行為堿基質(zhì)量值。
