PHI（pathogen host interactions）是一個病原菌和宿主互作的數(shù)據(jù)庫，包含了許多已報道的病原菌致病相關基因的信息烤芦。網(wǎng)頁版的PHIB-blast只能支持很少的序列搜索，但數(shù)據(jù)量大了只能選擇本地blast并级。
在下載數(shù)據(jù)前需要注冊填寫一點信息酵幕，如何下載fasta格式文件促绵，命名為PHI-base.fasta李根。
1槽奕、創(chuàng)建blast數(shù)據(jù)庫
makeblastdb -in PHI-base.fasta -dbtype prot -out PHI-base
具體參數(shù)可以用makeblastdb -help查看，
-in: 需要建庫的文件朱巨；
-dbtype：建庫文件的類型，核酸用nucl枉长，蛋白用prot冀续。
-out:庫名稱琼讽。
該命令會產(chǎn)生三個文件，分別以.phr洪唐，.pin钻蹬，.psq結尾。
2凭需、運行blastp
blastp -db PHI-base -query myfa.fasta -outfmt "6 qseqid sallseqid evalue bitscore pident -out my_blast"
具體參數(shù)可用blastp -help查看问欠，
-query：需要blast的文件；
-outfmt：結果輸出格式和內(nèi)容粒蜈。6,7分別表示以有comments和headers或無的表格輸出顺献，后面的qseqid等可在幫助中查看。
-out：輸出文件名枯怖。
