用blast進行本地化搜索PHI數(shù)據(jù)庫

PHI(pathogen host interactions)是一個病原菌和宿主互作的數(shù)據(jù)庫,包含了許多已報道的病原菌致病相關基因的信息烤芦。網(wǎng)頁版的PHIB-blast只能支持很少的序列搜索,但數(shù)據(jù)量大了只能選擇本地blast并级。
在下載數(shù)據(jù)前需要注冊填寫一點信息酵幕,如何下載fasta格式文件促绵,命名為PHI-base.fasta李根。

1槽奕、創(chuàng)建blast數(shù)據(jù)庫

makeblastdb -in PHI-base.fasta -dbtype prot -out PHI-base
具體參數(shù)可以用makeblastdb -help查看,
-in: 需要建庫的文件朱巨;
-dbtype:建庫文件的類型,核酸用nucl枉长,蛋白用prot冀续。
-out:庫名稱琼讽。
該命令會產(chǎn)生三個文件,分別以.phr洪唐,.pin钻蹬,.psq結尾。

2凭需、運行blastp

blastp -db PHI-base -query myfa.fasta -outfmt "6 qseqid sallseqid evalue bitscore pident -out my_blast"
具體參數(shù)可用blastp -help查看问欠,
-query:需要blast的文件;
-outfmt:結果輸出格式和內(nèi)容粒蜈。6,7分別表示以有comments和headers或無的表格輸出顺献,后面的qseqid等可在幫助中查看。
-out:輸出文件名枯怖。

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