有時候進(jìn)行比對的物種沒有GTF文件才写,需要轉(zhuǎn)化GFF為GTF文件才能用于featureCounts計(jì)數(shù)接奈,這時需要用到gffread這個軟件,進(jìn)行以下操作:
conda install -y -c bioconda gffread
gffread genomic.gff -T -o genomic.gtf
有時候進(jìn)行比對的物種沒有GTF文件才写,需要轉(zhuǎn)化GFF為GTF文件才能用于featureCounts計(jì)數(shù)接奈,這時需要用到gffread這個軟件,進(jìn)行以下操作:
conda install -y -c bioconda gffread
gffread genomic.gff -T -o genomic.gtf