寫在前面
作為目前最常見的一種可視化手段糠睡，熱圖因其豐富的色彩變化和生動(dòng)飽滿的信息表達(dá)被廣泛應(yīng)用于各種大數(shù)據(jù)分析場(chǎng)景。
ComplexHeatmap包提供了一種高度靈活的方式來安排多個(gè)熱圖，并支持自定義的注釋圖形。所以筐喳，開個(gè)新坑，慢更ComplexHeatmap使用指南函喉。如果覺得更新太慢可以直接看原教程避归，鏈接放文末。
ComplexHeatmap使用指南
1.簡(jiǎn)介
復(fù)雜的熱圖可以有效地可視化不同數(shù)據(jù)源之間的關(guān)聯(lián)管呵，并揭示潛在的模式梳毙。ComplexHeatmap包提供了一種高度靈活的方式來安排多個(gè)熱圖，并支持自定義的注釋圖形捐下。
1.1 總體設(shè)計(jì)
單個(gè)熱圖由熱圖體和熱圖組件組成账锹。可以按行和列分割熱圖主體坷襟。熱圖組件包括標(biāo)題奸柬、樹狀圖、矩陣名稱和熱圖注釋婴程，它們被放置在heatmap主體的四邊廓奕。熱圖組件根據(jù)熱圖主體重新排序或拆分。
ComplexHeatmap包是以面向?qū)ο蟮姆绞綄?shí)現(xiàn)的排抬。為了描述熱圖列表懂从，有以下類:
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Heatmapclass: 單個(gè)熱圖授段，包含熱圖主體蹲蒲、行/列名稱、標(biāo)題侵贵、樹狀圖和行/列注釋届搁。 -
HeatmapListclass: 熱圖和熱圖注釋的列表。 -
HeatmapAnnotationclass: 定義行注釋和列注釋的列表。熱圖標(biāo)注可以是熱圖的組成部分卡睦，也可以像熱圖一樣獨(dú)立存在宴胧。
還有幾個(gè)內(nèi)部類:
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SingleAnnotationclass: 定義單行注釋或單列注釋。HeatmapAnnotation對(duì)象包含一個(gè)SingleAnnotation對(duì)象列. -
ColorMappingclass: 從值映射到顏色表锻。主矩陣和注釋的顏色映射由ColorMapping類控制恕齐。 -
AnnotationFunctionclass: 構(gòu)造用戶定義的注釋。這是創(chuàng)建用戶定義注釋圖形的基礎(chǔ)瞬逊。
1.2 接下來的章節(jié)簡(jiǎn)介
介紹單個(gè)熱圖的配置
介紹了熱圖標(biāo)注的概念显歧，并演示了如何進(jìn)行簡(jiǎn)單標(biāo)注和復(fù)雜標(biāo)注。此外确镊，本章還解釋了列注釋和行注釋之間的區(qū)別士骤。
介紹如何連接熱圖列表和注釋，以及如何應(yīng)用調(diào)整來保持熱圖的對(duì)應(yīng)關(guān)系蕾域。
介紹如何配置熱圖圖例和標(biāo)注圖例拷肌，以及如何創(chuàng)建自定義圖例。
介紹在熱圖生成后旨巷，在熱圖中添加更多自定義圖形的方法巨缘。
介紹如何制作oncoPrints以及如何集成從ComplexHeatmap到oncoPrints的其他功能。
介紹述如何制作增強(qiáng)的 Upset plots.
介紹在ComplexHeatmap中實(shí)現(xiàn)的用于特定用途的函數(shù)采呐，例如可視化分發(fā)版带猴。
介紹其他包是如何與ComplexHeatmap集成的。目前懈万，作者演示了gridtext和pheatmap這兩個(gè)包拴清。
介紹述如何使熱圖具有交互性。
演示更多模擬和真實(shí)世界的例子会通。
參考資料
- https://github.com/jokergoo/ComplexHeatmap
- https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/index.html
往期內(nèi)容：
ggcorrplot | 簡(jiǎn)單的相關(guān)性熱圖繪制
